未提供项目说明
pyomexmeta的Python项目详细描述
利博梅塔
LibOMEXmeta是一个旨在为读、写、编辑和管理生物模拟模型的语义注释提供开发人员级支持的库。COMBINE modeling community已经就如何最好地注释模型以及如何将这些模型打包到存档（OMEX文件）中达成了共识，其中包括建模源代码、注释、描述模拟所需参数和设置的文件（在SEDML文件中），以及用于这些建模工作的潜在数据。这种共识最初是在出版物"Harmonizing semantic annotations for computational models in biology" (Briefings in Bioinformatics, 2018)中描述的。在
语义注释的目标是明确生物模拟模型语义的生物学基础。通过使用有关生物学和生物过程的标准知识资源（如CheBI、Uniprot和解剖学本体），我们可以使模型更易于理解、可重用和可重复使用。更多信息可在OMEX Metadata Specification web page找到。在
LBSEMSIM是一个C++接口的库，用于构建Python前端（pyOxMeta）。Libsemsim使用RDF作为表示这些注释的框架。libOmexMeta的核心是Redland libraries： -raptor2用于将RDF语法解析为RDF图并序列化输出 -rasqal用于查询RDF图 -librdf作为raptor2和rasqal的前端，以及三层商店。在
特点
Parsers
- rdfxml，ntriples，海龟，trig，rss标签汤，grddl，guess，rdfa，nquads，猜猜
Serializers
- ntriples，turtle，rdfxml xmp，rdfxml缩写，rdfxml，rss-1.0，atom，dot，json三元组，json，nquads，html
Querying
Storages modules
- hash、memory、file、mysql、sqlite、uri、tstore（请求时可能支持）、postgresql（支持但未测试）、virtuoso（根据请求可能支持）
平台
- 窗口
- Linux Ubuntu18.04，未经其他版本测试。在
libOmexMeta还没有在Mac上测试过。在
文件
https://sys-bio.github.io/libOmexMeta/
注：目前正在编写文档
安装
Python
在linux上，获取一些依赖项：
$ sudo apt install libxml2 libxml2-dev libxslt1-dev libpq-dev
Windows是自包含的。在
现在使用pip。在
^{pr2}$仅适用于Python3—如果您不使用Python3，我建议您升级。在
码头工人
您可以使用
$ docker pull ciaranwelsh/libomexmeta:v1.1.0
这是一个基于ubuntu18.04的容器，它预先构建并安装在/libOmexMeta/install-docker下。查看dockerfile获取在ubuntu上构建libOmexMeta的完整命令集。
Conda是预配置的，并且安装了pyomexmeta。在
下载二进制文件
您可以从releases tab下载二进制文件
源代码构建
请参阅上面的docker映像，它已经在linux版本上为您完成了这项工作。构建过程在windows和linux上都是相似的，但是linux通过apt-get安装了一些附加的依赖项。在
仅在Linux上，使用apt
安装一些依赖项注意，构建过程还没有完全针对linux进行优化，需要改进
收集一些依赖关系
$ sudo apt-get install -y sqlite3 libsqlite3-dev libxml2 libxml2-dev \
libxslt1-dev postgresql postgresql-contrib libdb-dev \
libdb-dev gcc-10 g++-10 flex bison doxygen python3-sphinx\
libpthread-stubs0-dev libltdl-dev git
将默认gcc切换到10.1版：
update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-10 100
在Linux和Windows上
获取vcpkg
$ git clone https://github.com/microsoft/vcpkg.git
$ cd vcpkg
在Linux上配置vcpkg并安装依赖项
$ ./bootstrap-vcpkg.sh
$ vcpkg integrate install
$ vcpkg install libxml2 curl libiconv pcre openssl yajl libpq sqlite3
$ ./bootstrap-vcpkg.sh
$ vcpkg integrate install
$ vcpkg install libxml2 curl libiconv pcre openssl yajl libpq sqlite3
注意：这是linux构建没有优化的地方。在
在Windows上配置vcpkg并安装依赖项
> bootstrap-vcpkg.bat
> vcpkg integrate install
> vcpkg install libxml2:x64-windows curl:x64-windows libiconv:x64-windows pcre:x64-windows openssl:x64-windows yajl:x64-windows libpq:x64-windows sqlite3:x64-windows libxslt:x64-windows
构建libOmexMeta
> bootstrap-vcpkg.bat
> vcpkg integrate install
> vcpkg install libxml2:x64-windows curl:x64-windows libiconv:x64-windows pcre:x64-windows openssl:x64-windows yajl:x64-windows libpq:x64-windows sqlite3:x64-windows libxslt:x64-windows
libOmexMetagit clone https://github.com/sys-bio/libOmexMeta.git
cd libOmexMeta
mkdir build && cd build
cmake -DVCPKG_ROOT=/vcpkg -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../install-linux -DBUILD_TESTS=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
make -j 8
make install # or sudo if installing to default location (i.e. omit the `-DCMAKE_INSTALL_PREFIX`)
托多
- 更改日期属性以使用空节点。在
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
