pyms（python菌根共生）
pyms-plot的Python项目详细描述
[！[DOI]（http://joss.theoj.org/papers/10.21105/joss.01125/status.svg）（https://doi.org/10.21105/joss.01125）
[！[pypi]（https://img.shields.io/pypi/v/pyms plot.svg）（https://pypi.org/project/pyms plot/）
\pyms
python for mycorrhizal symbiosis analysis（pyms）是一个基于图形用户界面的程序，用于可视化植物根系菌根真菌定殖的定量分析，以及对数据进行统计分析。它的开发是为了帮助那些不熟悉基于命令行的软件的研究人员，或者那些希望在数据分析过程中提高工作效率的研究人员。
如果您在工作中使用pyms，请引用schnabel，j.（2019）。pyms:python菌根共生数据分析。《开放源码软件杂志》，4（34），1125，[doi.org/10.21105/joss.01125]（https://doi.org/10.21105/joss.01125）。
rg/），[scipy]（https://matplotlib.org/），[statsmodels]（https://www.statsmodels.org）和[tkinter]（https://docs.python.org/3/library/tk.html）。您可以通过在命令行上运行来安装它们：
``
python-m pip install<；library name>；
````
与蟒蛇捆绑在一起。
通过pip安装pyms:
```
python-m pip安装pyms plot
````
图形界面出现前可能需要几秒钟。
Nd Boller，T.（2006年）。玉米突变体在丛枝菌根共生的不同阶段受到影响。Plant J.47 165-173（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16762030）或等效方法。
水稻丛枝菌根共生和大侧根诱导的特有信号传导途径。新植物学家。217 552-557）（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29194644））。
\您可以浏览文件。
*单击"文件"菜单并指向"另存为"以显示文件类型选择。单击文件扩展名将文件保存在与CSV文件相同的文件夹中。如果通过多次单击"analyze csv file"生成多个图形，它将保存生成的最后一个图形。
如果使用文件*test_colonization.csv*
<；img src="docs/images/test_colonization.png"width="800"alt="plot">；
##统计分析
pyms允许您使用mann-whitney检验或kruskal-wallis检验，然后使用dunn检验进行基因型间比较的统计测试，以便进行事后分析（即kruskal-wallis检验告诉您是否至少有一个基因型与其他基因型不同而dunn测试告诉你哪些基因型与其他基因型不同）。如果你想比较两种基因型，用曼惠特尼检验。如果你想比较多个基因型，使用kruskal wallis然后dunn测试。
*如果你还没有在pyms中打开csv文件，点击"进程"菜单并点击"分析csv文件"，它将打开一个弹出窗口，你可以浏览你的文件。
*点击"统计"菜单，通过勾选其中一个选项来选择你想要的测试。然后需要在"选择样本"菜单中选择要分析的基因型。您可以通过单击顶部-----来分离菜单，这样您就不必每次选择基因型时都打开菜单。一旦你选择了感兴趣的基因型，点击"过程"菜单中的"执行统计测试"。测试返回的p值将保存在与csv文件相同的文件夹中的文本文件中。
列*基因型*表示所比较的基因型。其他列代表不同的真菌结构。每一列中的数字代表不同真菌结构定殖水平差异的p值。
<；img src="docs/images/mann_whitney.png"width="800"alt="mann whitney">；
下面是另一个例子，如果您执行kruskal wallis测试，然后执行对hebiba（aoc）*（功能缺失突变体）、nh wt（野生型）和pcg82-2（功能缺失补充突变体）基因型进行dunn试验。结果显示为mann-whitney检验，除了有更多的基因型比较。
<；img src="docs/images/kw_dunn.png"width="800"alt="kruskal wallis">；
\support
如果您有任何疑问，请发送电子邮件至jonathan.schnabel31@gmail.com。
贡献
pyms旨在成为一个不断发展和协作的项目。请通过在github上提交pull请求来报告问题并提出改进和更正建议，从而改进pyms。请阅读[Github帮助页]（https://help.github.com/）了解更多详细信息。
\提供问题的详细描述，包括重现问题所需的步骤、您观察到的软件行为、您期望的软件行为以及pyms、python和依赖项的版本。
lcome在将更改推送到github上的存储库分支后创建拉取请求。
[！[pypi]（https://img.shields.io/pypi/v/pyms plot.svg）（https://pypi.org/project/pyms plot/）
\pyms
python for mycorrhizal symbiosis analysis（pyms）是一个基于图形用户界面的程序，用于可视化植物根系菌根真菌定殖的定量分析，以及对数据进行统计分析。它的开发是为了帮助那些不熟悉基于命令行的软件的研究人员，或者那些希望在数据分析过程中提高工作效率的研究人员。
如果您在工作中使用pyms，请引用schnabel，j.（2019）。pyms:python菌根共生数据分析。《开放源码软件杂志》，4（34），1125，[doi.org/10.21105/joss.01125]（https://doi.org/10.21105/joss.01125）。
rg/），[scipy]（https://matplotlib.org/），[statsmodels]（https://www.statsmodels.org）和[tkinter]（https://docs.python.org/3/library/tk.html）。您可以通过在命令行上运行来安装它们：
``
python-m pip install<；library name>；
````
与蟒蛇捆绑在一起。
通过pip安装pyms:
```
python-m pip安装pyms plot
````
图形界面出现前可能需要几秒钟。
Nd Boller，T.（2006年）。玉米突变体在丛枝菌根共生的不同阶段受到影响。Plant J.47 165-173（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16762030）或等效方法。
水稻丛枝菌根共生和大侧根诱导的特有信号传导途径。新植物学家。217 552-557）（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29194644））。
\您可以浏览文件。
*单击"文件"菜单并指向"另存为"以显示文件类型选择。单击文件扩展名将文件保存在与CSV文件相同的文件夹中。如果通过多次单击"analyze csv file"生成多个图形，它将保存生成的最后一个图形。
如果使用文件*test_colonization.csv*
<；img src="docs/images/test_colonization.png"width="800"alt="plot">；
##统计分析
pyms允许您使用mann-whitney检验或kruskal-wallis检验，然后使用dunn检验进行基因型间比较的统计测试，以便进行事后分析（即kruskal-wallis检验告诉您是否至少有一个基因型与其他基因型不同而dunn测试告诉你哪些基因型与其他基因型不同）。如果你想比较两种基因型，用曼惠特尼检验。如果你想比较多个基因型，使用kruskal wallis然后dunn测试。
*如果你还没有在pyms中打开csv文件，点击"进程"菜单并点击"分析csv文件"，它将打开一个弹出窗口，你可以浏览你的文件。
*点击"统计"菜单，通过勾选其中一个选项来选择你想要的测试。然后需要在"选择样本"菜单中选择要分析的基因型。您可以通过单击顶部-----来分离菜单，这样您就不必每次选择基因型时都打开菜单。一旦你选择了感兴趣的基因型，点击"过程"菜单中的"执行统计测试"。测试返回的p值将保存在与csv文件相同的文件夹中的文本文件中。
列*基因型*表示所比较的基因型。其他列代表不同的真菌结构。每一列中的数字代表不同真菌结构定殖水平差异的p值。
<；img src="docs/images/mann_whitney.png"width="800"alt="mann whitney">；
下面是另一个例子，如果您执行kruskal wallis测试，然后执行对hebiba（aoc）*（功能缺失突变体）、nh wt（野生型）和pcg82-2（功能缺失补充突变体）基因型进行dunn试验。结果显示为mann-whitney检验，除了有更多的基因型比较。
<；img src="docs/images/kw_dunn.png"width="800"alt="kruskal wallis">；
\support
如果您有任何疑问，请发送电子邮件至jonathan.schnabel31@gmail.com。
贡献
pyms旨在成为一个不断发展和协作的项目。请通过在github上提交pull请求来报告问题并提出改进和更正建议，从而改进pyms。请阅读[Github帮助页]（https://help.github.com/）了解更多详细信息。
\提供问题的详细描述，包括重现问题所需的步骤、您观察到的软件行为、您期望的软件行为以及pyms、python和依赖项的版本。
lcome在将更改推送到github上的存储库分支后创建拉取请求。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
