使用NIST的质谱搜索引擎搜索质谱的PyMassSpec扩展
pyms-nist-search的Python项目详细描述
使用NIST光谱搜索引擎搜索质谱的PyMassSpec扩展
PyMassSpec NIST Search是在GNU Lesser General Public License Version 3下授权的免费软件
为了进行这些测试，还提供了一份MassBank of North America数据库的副本（JSON、MSP和NIST库格式）。 这个库是在2020年4月22日使用“parse_mona”创建的_json.py文件“脚本和Lib2Nist。 根据CC B4.0许可证授权。 有关投稿人的列表，请参阅文件MoNA_GCMS_Library/AUTHORS .. TODO:添加链接。在
使用
您需要提供您自己的NIST质谱库副本才能使用该软件。在
这个库中的主类是引擎类。这个类执行实际的搜索。首先按如下方式初始化搜索引擎：
search=pyms_nist_search.Engine(FULL_PATH_TO_MAIN_LIBRARY,pyms_nist_search.NISTMS_MAIN_LIB,FULL_PATH_TO_WORK_DIR,)
其中FULL_PATH_TO_MAIN_LIBRARY是指向质谱库位置的路径，FULL_PATH_TO_WORK_DIR是指向搜索引擎要使用的工作目录的路径。在
然后可以按如下方式搜索质量谱对象：
^{pr2}$这将返回由SearchResult和ReferenceData对象组成的元组列表，以获取可能的质谱标识。在
使用此方法可以只获得SearchResult对象的列表：
hit_list=search.full_search(mass_spec)
对于这些点击中的每一次，可获得如下参考数据：
forhitinhit_list:ref_data=search.get_reference_data(hit.spec_loc)
托多
- 构建一个用于测试的用户库
- 允许使用用户库。他们现在不可能。在
- 使用pytest编写综合测试
- 项目
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