积分径向分布函数,计算开闭系统的kirkwood-buff积分
pykbi的Python项目详细描述
pykbi:python模块处理径向分布函数和kirkwood buff积分
kirkwood buff理论将微观结构和宏观性能联系起来 各向同性液体。这个理论的经典版本涉及到开放和无限 系统[1],而新的修正允许我们处理封闭的和有限的 系统[2]。该代码包含模块以纠正径向的有限尺寸效应 分子模拟中的分布函数(rdfs)和积分rdfs 从开放和封闭的合奏中获得。
本模块中的方法包含在下面的参考资料中。pykbi
工作
从各种软件中得到径向分布函数,所以
向用户读入并使径向距离与对相关
可用作向量的函数。积分可以对开和
封闭系统。此外,它还包括纠正方法
有限尺寸效应。
此软件包与“分子模拟中的kirkwood-buff积分”一文一起提供。 [3]。
安装
程序可以从PIP安装,使用:
pip3 install pykbi
或者可以直接从github安装:
pip3 install git+git://github.com/sondresc/pykbi.git
或者您可以克隆代码,然后手动安装:
git clone https://github.com/sondresc/pykbi
cd pykbi
python setup.py install
参考文献
- J. G. Kirkwood and F. P. Buff, J. Chem. Phys.19, 774(1951).
- P. Kruger, S. K. Schnell, D. Bedeaux, S. Kjelstrup, T. J. H. Vlugt, J.-M. Simon, J. Phys. Chem. Lett.4, 2(2013).
- N. Dawass, P. Kruger, S. K. Schnell, J.-M. Simon, T. J. H. Vlugt, Fluid Phase Equilibria486, (2019).