积分径向分布函数,计算开闭系统的kirkwood-buff积分

pykbi的Python项目详细描述


pykbi:python模块处理径向分布函数和kirkwood buff积分

kirkwood buff理论将微观结构和宏观性能联系起来 各向同性液体。这个理论的经典版本涉及到开放和无限 系统[1],而新的修正允许我们处理封闭的和有限的 系统[2]。该代码包含模块以纠正径向的有限尺寸效应 分子模拟中的分布函数(rdfs)和积分rdfs 从开放和封闭的合奏中获得。

本模块中的方法包含在下面的参考资料中。pykbi工作 从各种软件中得到径向分布函数,所以 向用户读入并使径向距离与对相关 可用作向量的函数。积分可以对开和 封闭系统。此外,它还包括纠正方法 有限尺寸效应。

此软件包与“分子模拟中的kirkwood-buff积分”一文一起提供。 [3]。

安装

程序可以从PIP安装,使用:

pip3 install pykbi

或者可以直接从github安装:

pip3 install git+git://github.com/sondresc/pykbi.git

或者您可以克隆代码,然后手动安装:

git clone https://github.com/sondresc/pykbi
cd pykbi
python setup.py install

参考文献

  1. J. G. Kirkwood and F. P. Buff, J. Chem. Phys.19, 774(1951).
  2. P. Kruger, S. K. Schnell, D. Bedeaux, S. Kjelstrup, T. J. H. Vlugt, J.-M. Simon, J. Phys. Chem. Lett.4, 2(2013).
  3. N. Dawass, P. Kruger, S. K. Schnell, J.-M. Simon, T. J. H. Vlugt, Fluid Phase Equilibria486, (2019).

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