用Python和Cython编写的隐藏(状态)条件随机域(HCRF)实现。

pyhcrf的Python项目详细描述


pyhcrf

一个用Python和Cython编写的隐藏(状态)条件随机字段(HCRF)。

TravisCIAppVeyorCoverageLicensePyPIWheelPython VersionsPython ImplementationsSourceGitHub issuesChangelog

此包是原始pyhcrf的分支,由编写 Dirko Coetsee,具有python3和Windows支持 使用由Martin Larralde维护的更干净的代码基。在

概述

pyhcrf实现了一个受^{}启发的HCRF模型 接口。该模型根据潜伏期序列对序列进行分类。 这个包提供了从示例序列中学习参数和 对新序列进行分类。参见paper 作者:王等人。report 科特斯科。在

状态

每个状态都编号为0, 1, ..., num_states - 1。状态机启动 在state 0中,以num_states - 1结尾。目前状态转换是 约束,以便在输入序列中的每个元素上,状态机 要么保持当前状态,要么前进到由 下一个号码。可以通过设置transitions和 相应的transition_parameters属性。在

依赖性

pyhcrf依赖于numpyscipy(对于LM-BFGS优化程序和scipy.sparse), 也需要cython从源代码构建。在

示例

X=[array([[1.,-0.82683403,2.48881337],[1.,-1.07491808,1.55848197],[1.,6.7814359,4.01074595]]),array([[1.,-3.01165932,-2.15972362],[1.,-3.41449473,-2.2668825]]),array([[1.,-2.64921323,-1.20159641],[1.,0.31139394,1.58841159]]),array([[1.,5.85226017,2.43317499],[1.,-1.57598266,-2.07585778]]),array([[1.,-0.32999744,-2.70695361],[1.,0.44311988,0.36400733]]),array([[1.,-0.05301562,3.95424435],[1.,3.04540498,-3.25040276]]),array([[1.,-4.29117715,0.9167861],[1.,-3.22775884,1.83277224]]),array([[1.,-2.80856491,1.95630489],[1.,1.62290542,-0.7457237]]),array([[1.,-2.32682366,2.60844469],[1.,2.12320609,1.04483217]]),array([[1.,-4.17616178,4.09969658],[1.,0.67287935,-5.67652159]])]y=[0,1,0,1,1,0,1,0,0,0]

Training examples

^{pr2}$

安装

下载/克隆并运行

python setup.py build_ext --inplace
python setup.py install

许可证

最初的代码以及随后在这个fork中所做的所有贡献都是 获得BSD-2条款许可。在

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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