层次正射群（hogs）分析工具
pyham的Python项目详细描述
动机
Pyham是一个便于分析层次直系群的库。 它还包含一些工具来运行标准类型的分析。
目前，ham仅限于分析存储在orthoxml文件中的hog。 有关OrthoXML模式的更多信息和一些示例如下 在http://orthoxml.org提供。
对于扩展文档，我们参考包含信息的docs文件夹 关于库的常见用例和api文档。
如何引用Pyham
如果您在工作中使用Pyham，请考虑引用：
Clément Marie Train，Miguel Pignatelli，Adrian Altenhoff，Christophe Dessimoz；IHAM和Pyham:可视化和处理层次直系群，生物信息学，BTY994，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/BTY994
安装
ham是用python3（也与python2兼容）编写的，很少有外部依赖，即。 目前ETE3，LML，6。安装脚本应该解决这些问题 自动依赖项。 考虑使用pip直接从签出的git repo安装包
python -m pip install --upgrade pip pip install pyham
示例
我们准备了一个现成的示例（参见example文件夹）和一些python脚本来使用主要的pyham特性。 您只需在bash中运行以下命令：
python run_hog_queries.py python run_treeProfile.py python run_iHam.py
开始
我们在http://lab.dessimoz.org/blog/2017/06/29/pyham上创建了一篇关于猪和派厄姆的介绍性博客文章。我们强烈建议您在开始使用pyham之前阅读它。
我们还创建了一个ipython笔记本来帮助您基本使用pyham api和http://zoo.cs.ucl.ac.uk/tutorials/tutorial_pyHam_get_started.html上的嵌入式工具。
兼容性表
各种hog推理资源对pyham的支持。
| Resource | Species tree format | OrthoXML | SUPPORT |
|---|---|---|---|
| ^{tt1}$ | ^{tt2}$ and ^{tt3}$ | ^{tt4}$ , or ^{tt5}$ | YES |
| ^{tt6}$ | PhyloXML and Newick | All HOGs | YES |
| ^{tt7}$ | ^{tt3}$ | one HOG at a time | YES |
| ^{tt9}$ | ^{tt3}$ | one HOG at a time | YES |
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