gpseq图像分析软件包
pygpseq的Python项目详细描述
PyGPSeq 3.3.5版
Python3包，提供分析GPSeq样本图像的工具
- 阅读GitHub页面documentation了解更多详细信息
- 阅读Wiki documentation了解更多详细信息。
wiki文档将很快与github页面合并。
安装
要安装，请运行以下命令：
git clone http://github.com/ggirelli/pygpseq
cd pygpseq
sudo -H pip3 install .
要卸载请从存储库文件夹中运行以下命令：
sudo -H pip3 uninstall pygpseq
若要update，请先卸载，然后从存储库文件夹中运行以下命令。
git pull
sudo -H pip3 install .
用法
分析GPSeq图像数据集
gpseq_anim（gpseqan分析im年龄）分析多条件gpseq图像数据集。运行gpseq_anim -h获取更多详细信息。
计算fish信号的lamin距离
脚本通过计算：从椎板和中央区域的绝对/标准化距离，核室，等位基因状态，……运行gpseq_fromfish -h获取更多详细信息。
使用元数据表合并多个FISH分析
使用gpseq_fromfish_merge脚本合并多个FISH分析输出（使用gpseq_fromfish生成）有关详细信息，请运行gpseq_fromfish_merge -h。
执行自动3D细胞核分割
运行tiff_auto3dseg -h获取有关如何生成细胞核染色通道的二进制/标记（压缩）掩码的详细信息
识别失焦（oof）视场
运行tiff_findoof -h以获取有关如何快速识别视图的焦点外字段的详细信息。此外，可以使用tiff_plotoof脚本（在r中，需要argparser和ggplot2）生成一个包含z堆栈上的信号位置的信息图。
将tiff分割成更小的图像
要将大tiff分割为大小为n x n像素的较小正方形图像，请运行tiff_split input_image output_folder N。使用--enlarge选项可避免像素丢失。如果输入图像是三维堆栈，则输出图像将是nxnxn体素，请使用--2d将分割仅应用于堆栈的第一个切片有关详细信息，请运行tiff_split -h。
（Un）压缩tiff
要解压缩一组tiff，请使用tiffcu -u命令要压缩它们，请改用tiffcu -c命令。有关详细信息，请使用tiffcu -h。
将nd2文件转换为单通道tiff图像
使用nd2_to_tiff工具将捆绑到nd2文件中的图像转换为单独的单通道tiff图像。在文档中使用nd2_to_tiff -h。
贡献
我们欢迎对pygpseq的任何贡献。请参考contribution guidelines如果这是你第一次贡献还有，看看我们的code of conduct。
许可证
MIT License
Copyright (c) 2017 Gabriele Girelli
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