pygamer:几何保持自适应网格
pygamer的Python项目详细描述
保几何自适应网格
gamer是一个表面网格改进库,它是为处理来自有噪声生物成像数据的表面网格而开发的。 利用tetgen,gamer可以生成适合于反应扩散系统有限元模拟的四面体网格。 玩家有以下主要功能:
- 曲面网格改进和抽取算法
- 边界标记和其他功能
- 曲面曲率的估计
- 生物分子周围网格表面的生成
技术特性:
- 使用cmake进行跨系统编译,并在linux(64位)、windows(32位或64位)或macos(64位)上运行。
- Blender插件,可以使用pygamer API轻松访问玩家功能
- 使用着色抽象的单纯复形数据(CASC结构)作为曲面和四面体网格的柔性底层表示。
- 代码由GitHub托管在较小的gnu公共许可证(lgplv2)下。请在那里发布问题或报告
生成状态
承认你使用游戏玩家
感谢使用Gamer!开发人员很想知道你是如何使用这个工具的。请给我们发一封电子邮件或在github上发帖让我们知道。
请引用上面的zenodo doi来确认软件版本,并引用以下文件:
Lee, C. T.; Laughlin, J. G.; Angliviel de La Beaumelle, N.; Amaro, R.; McCammon, J. A.; Ramamoorthi, R.; Holst, M. J.; Rangamani, P. GAMer 2: A System for 3D Mesh Processing of Cellular Electron Micrographs. bioRxiv 2019, 534479.
安装
以下说明将构建基本玩家库。 如果你想额外编译Blender Gamer插件、Gamer文档或其他功能,请在构建之前参考附加选项部分。
首先,从releases下载源代码的副本或克隆主分支。
git clone https://github.com/ctlee/gamer.git
cd gamer
Linux和Mac:
mkdir build cd build cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/usr -DGAMER_TESTS=on -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release .. make
对于Windows,我们支持通过使用CMAKE生成器使用Microsoft Visual Studio(MSV)进行构建:
mkdir build64 cd build64 cmake -DBUILD_BLENDGAMER=TRUE -G "Visual Studio 15 2017 Win64" -A x64 .. cmake --build . --config Release
要获得完整的安装指南,包括pygamer和blendgamer的配置,请签出online installation documentation。
与/由玩家捆绑/下载的外部库
玩家使用Tetgen生成 四面体化。
玩家使用Eigen来 计算局部结构张量的特征值/特征向量
玩家使用casc作为底层simplicial 复杂的数据结构
玩家使用GoogleTest来处理测试。
玩家使用Pybind11
Gamer Blender插件中的网格检查是受Campbell Barton和CellBlender的Meshalyzer的启发或从3D打印工具箱中借用的。
Triangle也与GAMer捆绑在一起,但目前尚未使用