pyframe：基于片段的多尺度嵌入的python工具
PyFraME的Python项目详细描述
pyframe：用于基于片段的多尺度嵌入计算的python工具
版权所有（c）2017-2018 Jógvan Magnus Haugaard Olsen
pyframe是免费软件：您可以重新分发和/或修改它 根据由 自由软件基金会，或者许可证的第3版，或者 （由您选择）任何更高版本。
PyFrame的发布是希望它能有用， 但没有任何保证；甚至没有 适销性或适合某一特定目的的适销性。见 GNU通用公共许可证了解更多详细信息。
你应该收到GNU通用公共许可证的副本 还有皮弗雷姆。如果没有，请参阅https://www.gnu.org/licenses/。
说明
pyframe是一个python包，它提供了设置 基于片段的多尺度嵌入计算。目的是 提供工具，使此类计算的工作流自动化 以灵活的方式。
典型的工作流程如下：
- 选择部分分子体系作为核心区 它通常被视为一个高水平的理论
- 剩余部分被分成若干个区域，每个区域可以是 在不同的理论层次上处理
- 每个区域（核心区域除外）被划分成碎片 小分子或大分子的一部分 分成更小的可计算的片段
- 对每个片段运行计算以获得片段参数 （如有必要）
- 所有区域的所有片段参数被组合并构成 嵌入势
- 最后在核心区域使用嵌入进行计算 从分子的其余部分模拟效应的潜力 系统
pyframe包可用于自动化步骤1-5。
如何引用
要引用pyframe，请使用类似于以下格式的格式
“j.m.h.olsen，pyframe:python工具，用于基于片段的多尺度 嵌入（0.2.0版），2018， https://doi.org/10.5281/zenodo.1443314“
其中版本和doi应该与实际使用的版本相对应。 注意doi10.5281/zenodo.775113 表示所有版本，并始终解析为最新版本。 可能的bibtex条目可以在CITATION file中找到。
或者，bibtex和其他格式可以由Zenodo生成。
要求
要使用pyframe，您需要：
对于某些功能，您需要以下一项或多项：
要运行测试套件，您需要：
安装
源代码可以从 GitLab或 Zenodo，或直接安装 从PyPI，如下所示
pip install pyframe
要克隆存储库，请运行以下命令
git clone https://gitlab.com/FraME-projects/PyFraME.git
然后可以通过键入
python setup.py install
从pyframe根目录。您可能希望将--user添加到
最后一行，如果您没有根访问/sudo权限。注意这个
将安装numpy和numba（如果尚未安装）。
测试
要执行完整的测试套件（单元测试和集成测试），请运行
pytest
从pyframe根目录，或者，如果从pypi安装，则 可以通过键入
pytest --pyargs pyframe
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