导入和查询CTD
PyCTD的Python项目详细描述
PyCTD是一个python包 访问和查询化学-基因/蛋白质相互作用、化学-疾病和基因-疾病 由Comparative Toxicogenomics Database提供的数据建立的关系。 数据安装在一个（本地或remte）rdbms中，使生物信息算法的响应速度非常快。 通过使用SqLalCyy数据库层来实现复杂的查询和高灵活性。 PYCTD是由 Department of Bioinformatics 在弗劳恩霍夫算法和科学计算研究所 SCAI 有关CTD的更多信息，请访问 this section in the documentation。
以下IMI项目支持此开发：
支持的数据库
pyctd使用SQLAlchemy覆盖广泛的rdms （关系数据库管理系统）。为了获得最佳性能，建议使用mysql或mariadb。但如果你没有 在系统sqlite上安装软件的可能性-无需进一步 安装-同样有效。支持以下RDM（由sqlalchemy提供）：
- 火鸟
- Microsoft SQL Server
- mysql/MariaDB
- 甲骨文
- PostgreSQL
- sqlite
- Sybase
开始
这是一个急躁的快速入门教程。
安装
pyctd可以与pip一起安装。
pip install pyctd
如果由于没有安装权限而失败，请使用超级用户（在推荐之前在Linux上使用sudo）或…
pip install --user pyctd
如果要确保在python3下安装，请使用…
python3 -m pip install pyctd
sqlite
注意
如果您想使用sqlite作为数据库系统，因为您…
- 不可能使用像mysql/mariadb这样的rdms
- 只需测试pyctd，但不想花时间设置数据库
跳过下一个mysql/mariadb setup部分。但一般来说，我们推荐mysql或mariadb作为rdbms。
如果您不知道这意味着什么，请跳过mysql/mariadb setup部分。
别担心！以后可以随时更改配置。有关的详细信息 稍后更改数据库系统转到副标题更改数据库配置Changing database configuration 在有关ReadtheDocs的文档中。
mysql/mariadb设置
以根用户身份登录mysql，创建新数据库，创建用户，分配权限和刷新权限。
CREATEDATABASEpyctdCHARACTERSETutf8COLLATEutf8_general_ci;GRANTALLPRIVILEGESONpyctd.*TO'pyctd_user'@'%'IDENTIFIEDBY'pyctd_passwd';FLUSHPRIVILEGES;
启动python shell并设置mysql配置。如果您没有更改SQL语句中的任何内容…
importpyctdpyctd.set_mysql_connection()
如果您使用了自己的设置，请根据需要调整以下命令。
importpyctdpyctd.set_mysql_connection(host='localhost',user='pyctd_user',passwd='pyctd_passwd',db='pyctd')
示例查询
>>>query=pyctd.query()>>>results=query.get_chem_gene_interaction_actions(gene_name='APP',interaction_action='meman%',limit=1)>>>first_result=r>>>r.chemicalMemantine>>>r.pubmed_ids[21290839]>>>r.chemical.drugbank_ids[DB014043]
更多信息
请参阅installation documentation了解更高级的
说明。另外，检查CHANGELOG.rst的更改日志。
CTD工具和许可证（数据使用）
ctd还提供许多在线的query interfaces和 tools to analyse data在他们的网站上。
请注意CTD license，它只允许将数据用于 研究和教育目的。不应根据CTD中的信息做出医疗决策。
未经 MDI生物实验室和北卡罗来纳州立大学。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
