pycdt是一个python包,用于方便对固体中的点缺陷进行dft计算。

pycdt的Python项目详细描述


python charge defects toolkit(pycdt)是一个python包,旨在 充电缺陷建模更简单,高吞吐量就绪,而且还可访问 给那些没有必要背景的研究人员。PYCDT可以处理 周期条件下的热力学计算及误差修正 带电缺陷的边界条件密度泛函计算 半导体和绝缘体。它还可以生成所需的输入 DFT计算并可以处理DFT计算的输出。 该代码是模块化的,任何dft代码都可以集成到pycdt中以解决缺陷。 计算。

要求

PYCDT需要PymatGen(及其依赖项)和可选的SxDefectAlign包。

源代码

如果还不可用,请使用以下步骤。

  1. 如果尚未与系统打包,请安装git

  2. 使用以下命令下载PYCDT源代码:

    git clone https://bitbucket.org/mbkumar/pycdt.git
    

安装

  1. 导航到pycdt根目录:

    cd pycdt
    
  2. 使用以下命令安装代码:

    python setup.py install
    

    该命令尝试获取所需的软件包及其依赖项并自动安装它们。 如果不使用virtualenv,则可能需要访问根目录。

  3. 可以使用以下命令将软件包安装在非标准位置:

    python setup.py install --prefix PYCDT_INSTALL_DIR
    

    其中pycdt_install_dir是您选择的目录。在UNIX/Linux环境中, 通过以下命令将pycdt_install_dir添加到path和pythonpath变量:

    export PATH=$PATH:PYCDT_INSTALL_DIR
    export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:PYCDT_INSTALL_DIR
    
  4. (如果未设置)在$home/.pmgrc.yaml中设置vasp pseudo potential目录,如下所示:

    VASP_PSP_DIR: <Location of vasp pseudopotential top directory>
    
  5. (如果未设置)在$home/.pmgrc.yaml中设置Materials Project API密钥,如下所示:

    MAPI_KEY: <Your mapi key obtained from www.materialsproject.org>
    

示例

在pycdt根文件夹中,键入以下命令转到examples文件夹:

cd examples

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