pycdt是一个python包,用于方便对固体中的点缺陷进行dft计算。
pycdt的Python项目详细描述
python charge defects toolkit(pycdt)是一个python包,旨在 充电缺陷建模更简单,高吞吐量就绪,而且还可访问 给那些没有必要背景的研究人员。PYCDT可以处理 周期条件下的热力学计算及误差修正 带电缺陷的边界条件密度泛函计算 半导体和绝缘体。它还可以生成所需的输入 DFT计算并可以处理DFT计算的输出。 该代码是模块化的,任何dft代码都可以集成到pycdt中以解决缺陷。 计算。
要求
PYCDT需要PymatGen(及其依赖项)和可选的SxDefectAlign包。
源代码
如果还不可用,请使用以下步骤。
如果尚未与系统打包,请安装git。
使用以下命令下载PYCDT源代码:
git clone https://bitbucket.org/mbkumar/pycdt.git
安装
导航到pycdt根目录:
cd pycdt
使用以下命令安装代码:
python setup.py install
该命令尝试获取所需的软件包及其依赖项并自动安装它们。 如果不使用virtualenv,则可能需要访问根目录。
可以使用以下命令将软件包安装在非标准位置:
python setup.py install --prefix PYCDT_INSTALL_DIR
其中pycdt_install_dir是您选择的目录。在UNIX/Linux环境中, 通过以下命令将pycdt_install_dir添加到path和pythonpath变量:
export PATH=$PATH:PYCDT_INSTALL_DIR export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:PYCDT_INSTALL_DIR
(如果未设置)在$home/.pmgrc.yaml中设置vasp pseudo potential目录,如下所示:
VASP_PSP_DIR: <Location of vasp pseudopotential top directory>
(如果未设置)在$home/.pmgrc.yaml中设置Materials Project API密钥,如下所示:
MAPI_KEY: <Your mapi key obtained from www.materialsproject.org>
示例
在pycdt根文件夹中,键入以下命令转到examples文件夹:
cd examples
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