PYBMRB提供了可视化BMRB中化学位移数据的工具
pybmrb的Python项目详细描述
PYBMRB
单击启动程序在实时jupyter笔记本上尝试pybmrb。
生物磁共振数据库（BMRB）
BMRB收集、注释、存档和传播（在公共领域的全球范围内） 核磁共振波谱的重要光谱和定量数据 生物大分子及其代谢产物的研究。目标是授权 研究生物结构、动力学和化学的科学家 系统和支持进一步发展的领域 生物分子核磁共振波谱。
bmrb在关系数据库中维护其数据，并在NMR-STAR中将其作为平面文件进行维护。 格式。它还通过api提供数据访问，并提供处理nmr-star文件的软件工具。 PyNMRSTAR就是这样一个工具，可以方便地进行读、写和分析 NMR-STAR文件。PyBMRB提高了bmrb数据的可用性 以及来自BMRB的化学位移数据访问和可视化。
数据可视化
pybmrb使用现代python可视化工具plotly 它的形象化。它的特征是化学位移直方图 来自BMRB数据库的标准氨基酸和N15-HSQC峰位模拟 对于任何给定的BMRB条目（或）本地指定化学品的BMRB条目（或）列表 NMR-STAR格式的移位表。随机线圈n15-基于bmrb的hsqc仿真 数据库统计也包括在内。
这个库可以作为一个html文件生成独立的交互式可视化，也可以 用于Jupyter Notebook。可以找到示例笔记本 here
安装
pybmrb在Python Package Index (PIP)中可用。这很容易 使用以下命令安装
pip install pybmrb
要从源安装，请克隆或下载源并转到包含“setup.py”的文件夹 并运行以下命令
pip install .
如有必要，使用“sudo”。
化学位移直方图
BMRB通过提供 各种重要生物的高质量化学位移数据 大分子，如蛋白质和核酸，小分子，如配体，共因子， 小肽和代谢物。氨基酸中原子的化学位移分布 核酸有助于我们了解其多样的化学环境。 来自BMRB等数据库的化学位移直方图将有助于 我们要了解生物物理性质的生物分子，并提供一个修道院 共振分配的概率。
条件直方图
多维核磁共振实验中的化学位移分配是 最大的挑战。pybmrb可以通过生成 条件直方图。如果一个特定的 羊水酸可用，那么PYBMRB可以估计化学位移 未分配原子在氨基酸中的分布 它的化学位移和给定的列表相似 特殊的氨基酸。
笔记本中的示例
化学位移直方图 可以找到here。 输出可能看起来像this
n15-hsqc模拟。
hsqc是最常用、最有用的核磁共振实验之一。 它带有折叠状态、配体相互作用和实验环境的特征 比如ph值和温度。BMRB包含数千个指定的化学位移 各种生物分子。pybmrb利用这些数据模拟n15-hsqc 任何BMRB入口的峰值位置。也可以比较n15-hsqc 用户生成的不同条目或bmrb条目的光谱 NMR-STAR格式的化学位移信息。
n15-序列的HSQC光谱。
作为实验，BMRB开发了模拟随机线圈的工具 n15-给定蛋白质序列的hsqc谱 数据库统计。假设在BMRB中，小部分 给定序列可能存在于所有可能的确认中， 可以计算延迟原子的化学位移 通过平均小段的化学位移来确认 覆盖整个数据库
笔记本中的示例
n15-hsqcexamples notebook 可以找到here 笔记本的输出看起来像this
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