Pybel Git实用程序
pybel-git的Python项目详细描述
Git和Pybel的持续集成工具,以帮助管理BEL。
连续集成使用
下面是在配置中使用pybel-git的示例 多个持续集成服务。另外,-r 选项可用于指定所需的批注。例如, -r Confidence可以在重新固化期间使用。
使用github和travis ci
配置Travis-CI以计算 最近在github中提交到a时更改的bel文件 存储库在每次提交时,以下travis.yml文件可以 使用:
sudo:falsecache:piplanguage:pythonpython:-3.6install:-pip install pybel-gitscript:-pybel-git ci
当前,生成不使用缓存的资源文件,因此此作业 可能需要很长时间。可以使用travis_wait命令,以便脚本读取 travis_wait 30 pybel-git ci,作业将被允许运行 三十(30)分钟。
可以在https://github.com/cthoyt/pybel-git-test找到一个示例存储库。 可以在https://travis-ci.com/cthoyt/pybel-git-test/builds/87612373找到此存储库的示例构建。
将gitlab与gitlab ci/cd一起使用
将GitLab CI/CD配置为 评估最近提交到中更改的BEL文件 一个gitlab存储库,可以使用以下.gitlab-ci.yml:
test:image:python:3.6script:-pip install pybel-git-pybel-git ci
与github/travis ci一样,此配置不使用缓存的 资源文件。gitlab ci/cd似乎不提供等待时间,但是 它也可能不存在超时的问题。
示例存储库可以在https://gitlab.com/cthoyt/pybel-gitlab-example找到。 可以在https://gitlab.com/cthoyt/pybel-gitlab-example/-/jobs/113454179
使用Atlassian Bitbucket和Bitbucket管道
配置Bitbucket管道以计算具有 在提交到Bitbucket存储库的最新版本中更改了 使用bitbucket-pipelines.ymlca之后:
image:python:3.6pipelines:default:-step:caches:-pipscript:-pip install pybel-git-pybel-git ci
示例存储库可以在https://bitbucket.org/pybel/pybel-bitbucket-example找到。 可以在https://bitbucket.org/pybel/pybel-bitbucket-example/addon/pipelines/home#!/results/2找到此存储库的示例生成。
与Git服务和持续集成一起使用
与gitlab的深度集成
Pybel Git包含额外的脚本,以帮助自动检查和反馈 对于gitlab中使用分支git流工作流的项目 以及提出合并请求。
此脚本检查每个分支,编译已更改的BEL文档 与master进行比较,并在合并请求上添加带有警告的注释 以及对bel文件的语法和语义正确性的反馈。
它可以使用以下命令运行:
pybel-git ci_gitlab \ --url "https://gitlab.scai.fraunhofer.de"# the url of the desired gitlab instance \ --project-id 449# the gitlab project id, shown at the top of the page for the repository \
此脚本使用EasyConfig,还可以配置 通过环境变量GITLAB_URL、GITLAB_PROJECT_ID和GITLAB_TOKEN。