与cx相互转换的pybel扩展
pybel-cx的Python项目详细描述
用于与cx相互转换的pybel扩展。
安装
pybel cx可以从PyPI轻松安装，代码如下 您最喜欢的终端：
$ python3 -m pip install pybel-cx
或者来自GitHub上的最新代码，使用：
$ python3 -m pip install git+https://github.com/pybel/pybel-cx.git
命令行用法
pybel cx安装两个命令行实用程序：bel_to_cx和cx_to_bel。
cx至bel
运行此脚本需要注意，cx文档应符合pybel cx创建的架构。
$ cat my_network.cx | cx_to_bel > my_network.bel
BEL至CX
$ cat my_network.bel | bel_to_cx > my_network.cx
由于此操作可能很昂贵，Pybel缓存命名空间资源。-c标志可用于指定 使用高性能RDBMS而不是默认SQLite的数据库连接字符串。例如，如果你愿意 像使用mysql一样，这个数据库字符串看起来像 mysql+pymysql://<username>:<password>@<host>/<dbname>?charset=utf8[&<options>]。一定要pip install 连接器，在本例中是pymysql。
$ pip install pymysql $ cat my_network.bel | bel_to_cx -c "mysql+pymysql://root:root@localhost/mydb?charset=utf8" > my_network.cx
有关连接字符串的更多文档，请访问http://pybel.readthedocs.io/en/latest/manager.html#pybel.manager.BaseManager.from_connection。
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