与cx相互转换的pybel扩展

pybel-cx的Python项目详细描述


用于与cx相互转换的pybel扩展。

安装Current version on PyPIStable Supported Python VersionsMIT License

pybel cx可以从PyPI轻松安装,代码如下 您最喜欢的终端:

$ python3 -m pip install pybel-cx

或者来自GitHub上的最新代码,使用:

$ python3 -m pip install git+https://github.com/pybel/pybel-cx.git

命令行用法

pybel cx安装两个命令行实用程序:bel_to_cxcx_to_bel

cx至bel

运行此脚本需要注意,cx文档应符合pybel cx创建的架构。

$ cat my_network.cx | cx_to_bel > my_network.bel

BEL至CX

$ cat my_network.bel | bel_to_cx > my_network.cx

由于此操作可能很昂贵,Pybel缓存命名空间资源。-c标志可用于指定 使用高性能RDBMS而不是默认SQLite的数据库连接字符串。例如,如果你愿意 像使用mysql一样,这个数据库字符串看起来像 mysql+pymysql://<username>:<password>@<host>/<dbname>?charset=utf8[&<options>]。一定要pip install 连接器,在本例中是pymysql

$ pip install pymysql
$ cat my_network.bel | bel_to_cx -c "mysql+pymysql://root:root@localhost/mydb?charset=utf8" > my_network.cx

有关连接字符串的更多文档,请访问http://pybel.readthedocs.io/en/latest/manager.html#pybel.manager.BaseManager.from_connection

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