生物表达语言（BEL）的解析、验证、编译和数据交换
pybel的Python项目详细描述
PyBEL是一个纯python包，用于解析和处理 那Biological Expression Language （贝尔）。它还促进了常见格式和数据库之间的数据交换，如 NetworkX，json，csv，sif，Cytoscape， CX、NDEx、sql和 Neo4J。
它的配套包PyBEL Tools包含 用于分析生成的生物网络的功能和管道套件。
我们意识到我们与化学信息包openbabel的python包装有名称冲突。如果你是 查找它们的python包装器，请参见here。
引文
如果您觉得Pybel对您的工作有用，请考虑引用：
| [1] | Hoyt, C. T., et al. (2017). PyBEL: a Computational Framework for Biological Expression Language. Bioinformatics, 34(December), 1–2. |
开始
这个例子说明了Selventa Small Corpus 可以加载。
>>>importpybel>>>graph=pybel.from_url('http://resources.openbel.org/belframework/20150611/knowledge/small_corpus.bel')>>>graph.number_of_nodes()# Will be smaller than expected because we have the most strict settings enabled1207
更多的例子可以在documentation和 PyBEL Notebooks存储库。
pybel还使用命令pybel为数据等简单实用程序安装命令行接口
转换。在本例中，编译一个bel文档，然后将其导出到GraphML
用于细胞景观中的观察。
$ pybel compile ~/Desktop/example.bel $ pybel serialize ~/Desktop/example.bel --graphml ~/Desktop/example.graphml
在细胞景观中，用Import > Network > From File打开。
安装
pybel可以从PyPI轻松安装，代码如下 您最喜欢的终端：
$ pip install pybel
或者来自GitHub上的最新代码，使用：
$ pip install git+https://github.com/pybel/pybel.git
有关更高级的信息，请参见installation documentation 说明。另外，检查CHANGELOG.rst上的更改日志。
贡献
无论是提交问题、提出拉式请求还是分叉，我们都会感谢您的贡献。见 CONTRIBUTING.rst了解有关获取 卷入的。请将您的姓名添加到AUTHORS.rst！
致谢
- 这个软件包最初是作为 Charles Tapley Hoyt位于Fraunhofer SCAI。
- 这个软件是用paul mcguire的PyParsing包构建的。
- Scott Colby设计了我们的logo，并提供了 明智的建议
- Christian Ebeling用于监督和咨询
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