pyafm 0.5

Pyafm

pyafm是一套控制原子力显微镜的工具。它 使用短距离（压电）和 远程（步进）垂直定位。有单独的模块 为了控制压电（pypiezo）和步进器（stepper），这个 模块主要包含需要两者功能的方法。

该模块可以选择性地包括通过pypid的温度传感 后端。

套餐

gentoo

我已经为Gentoo包装了Pyafm。你需要layman和我的wtk overlay。安装时使用：

# emerge -av app-portage/layman
# layman --add wtk
# emerge -av sci-physics/pyafm

尽管它不是严格要求的（多亏了duck typing），但是 可能还需要我的stepper包或等效的 步进执行。

依赖关系

pyafm需要以下python模块：

• Pycomedi（直接需要，并通过pypiezo）
• Pypiezo
• Stepper（或等效的步进器实现）
• Pypid（可选温度监控）
• H5config（直接需要，通过pypiezo）
• SciPy

获取源

pyafm可用作Git存储库：

$ git clone git://tremily.us/pyafm.git

也有定期的捆绑发行。例如，获取版本 0.3作为一个带gzipped tarball，带有：

$ wget 'http://git.tremily.us/?p=pyafm.git;a=snapshot;h=v0.3;sf=tgz'
$ tar -xzvf pyafm-0.1.tar.gz

安装

下载后，切换到源目录并运行：

$ python setup.py install

安装pyafm。运行：

$ python setup.py install --help

查看可能要配置的安装选项列表。

用法

docstrings包含一些非常详细的测试来帮助您开始。 dir()和help()是您的朋友；）。一个整洁的特征 我最近（2012-03-16）增加了存储和加载 通过h5config完成AFM配置。例如，当你 首先使用pyafm，可能需要一点时间来挖掘所有必要的 校准常数等，并将其插入您的配置：

>>> import pycomedi.constant
>>> import pypiezo.config
>>> import pyafm.config
>>> config = pyafm.config.AFMConfig()
>>> config['name'] = '1B3D9'
>>> config['main-axis'] = 'z'
>>> config['piezo'] = pypiezo.config.PiezoConfig()
>>> config['piezo']['name'] = '2253E'
>>> config['piezo']['axes'] = [
...     pypiezo.config.AxisConfig(), pypiezo.config.AxisConfig()]
>>> config['piezo']['axes'][0]['gain'] = 20
>>> config['piezo']['axes'][0]['sensitivity'] = 8.8e-9
>>> config['piezo']['axes'][0]['channel'] = pypiezo.config.OutputChannelConfig()
>>> config['piezo']['axes'][0]['channel']['analog-reference] = pycomedi.constant.AREF.ground
>>> config['piezo']['axes'][0]['channel']['analog-reference] = pycomedi.constant.AREF.ground

一个接一个；）。不过，别担心，一旦你告诉python 关于您的特定afm配置，您可以获得一个工作的AFM 实例很容易：

>>> devices = []
>>> afm = AFM(config=config, devices=devices)

它负责打开所有通道并初始化所有 你在上面配置的部件。devices最后将充满任何 pycomedi.device.Device您需要的实例。一旦你高兴了 使用您的设置，确保config对象是最新的：

>>> afm.setup_config()

将任何新的对象状态复制到.config属性中 （例如，位-伏转换多项式）。那就把你的 配置：

>>> import pyafm.storage
>>> pyafm.storage.save_afm(afm=afm, filename='whatever', group='/optional')

它将在指定路径创建一个hdf5文件，并存储afm 在指定组下配置。filename和 group是可选的。如果你不考虑他们，他们会默认 ^分别是{tt12}$和/。

下次你需要用AFM做点什么的时候，只要把你的 旧配置文件。如果你使用默认位置，那就很简单了 作为：

>>> import pyafm.storage
>>> devices = []
>>> afm = pyafm.storage.load_afm(devices=devices)
>>> afm.load_from_config()

当你用完后，最好关闭任何设备 在devices：

>>> for device in devices:
...     device.close()

对默认路径使用load_afm是保持 AFM配置跨多个应用程序同步。那样的话， 如果你重新校准你的 压电或重建放大器。