将骨骼的材质属性指定给有限元网格
py_bonemat_abaqus的Python项目详细描述
Version: | Version 1.0.9 |
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Authors: | Dr Elise Pegg (University of Bath)
Prof Richie Gill (University of Bath) |
Email: | e.c.pegg@bath.ac.uk |
导言
这个python包提供了一些工具,可以将骨骼的材料属性添加到abaqus有限元模型输入文件中,在该文件中,使用hounsfield单元(hu)和输入参数根据相应的ct数据定义每个元素的模量。
该软件包旨在与意大利博洛尼亚研究人员开发的Bonemat软件相当,但为ABAQUS有限元用户量身定制原始的bonemat可以在www.bonemat.org找到,更多细节可以在已发表的论文[1]、[2]、[3]、[4]中找到。有关在这个python包上执行的验证测试的更多信息,请参阅下面的日志文章[5]。
注意:
- 当此包用于向ABAQUS输入文件添加材质时,将保留任何模型参数(例如加载、集合或步骤定义)。
- 此软件包的当前版本仅适用于:
- 线性和二次四面体元素
- 线性楔形元件
- 线性六面体单元
- 要运行包,需要有三个文件:参数文件(.txt)、ABAQUS输入文件(.inp)和CT扫描(作为文件夹中的一系列dicom图像,或作为.vtk文件)示例文件夹中提供了示例文件
- 关于这个包的更多信息可以在py_bonemat_abaqus.py代码的开头找到
出版物
如果您决定使用这个python包进行研究,在发布时,我们恳请您引用以下论文[5]
安装
安装py_bonemat_abaqus的最简单且推荐的方法是使用pip。可以使用以下命令使用pip从PyPI安装最新的稳定版本:
>>> pip install py_bonemat_abaqus
如果您没有PIP,可以使用Easy_安装:
>>> easy_install py_bonemat_abaqus
或者,您可以从PYPI页面下载源程序包,提取它并使用:
>>> python setup.py install
依赖关系
- Numpy-1.6版或更高版本
- Pydicom-0.9.7版或更高版本
用法
包可以从终端运行,也可以导入到python脚本中。
要从终端运行,请使用以下语法:
>>> py_bonemat_abaqus -p <parameters file> -ct <ct file/dir> -m <abaqus input file>
要在python脚本中运行,请在文件顶部从包中导入“run”脚本,然后使用以下命令执行:
run(<parameters file>, < ct scan dir or vtk>, <abaqus input file>)
例如,如果包含以下两行的python脚本保存在源代码的examples文件夹中,则它将计算“example-abaqus-mesh.inp”的材质属性:
from py_bonemat_abaqus.run import run run('example_parameters.txt','example_ct_data.vtk','example_abaqus_mesh.inp')
参考文献
[1] | Helgason B, Taddei F, Palsson H, Schileo E, Cristofolini L, Viceconti M, Brynjolfsson S. (2008) Med Eng Phys 30 [4] p444-453: http://dx.doi.org/10.1016/j.medengphy.2007.05.006 |
[2] | Taddei F, Schileo E, Helgason B, Cristofolini L, Viceconti M. (2007) Med Eng Phys 29 [9] p973-979: http://dx.doi.org/10.1016/j.medengphy.2006.10.014 |
[3] | Taddei F, Pancanti A, Viceconti M. (2004) Med Eng Phys 26 [1] p61-69: http://dx.doi.org/10.1016/S1350-4533(03)00138-3 |
[4] | Zannoni C, Mantovani R, Viceconti M. (1998) Med Eng Phys 20 [1] p735-740: http://dx.doi.org/10.1016/S1350-4533(98)00081-2 |
[5] | Pegg EC, Gill HS. (2016) J Biomechanics. In Press. http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiomech.2016.07.037 |