py-wsi 1.1

当前版本

注意：强烈建议使用py wsi版本>；=1.0。

py_wsi的当前更新增加了三个主要改进 对于处理非常大的.svs图像数据集是必不可少的：

• 更好的内存管理
• 错误处理
• 允许在从中进行采样之前对测试修补程序进行采样的功能 所有图像

请参阅此日志py_wsi for computer analysis on whole slide .svs images using OpenSlide以获取有关 了解面片和瓷砖采样之间的关系。测试 此版本中的修补程序采样功能还将帮助用户 确切地知道他们在取样。

对于任何下载了py_wsi以前版本的早期用户（<； 1.0）我强烈建议下载更新请感觉一下 免费向github存储库提交任何问题，我将提供 尽我所能帮忙。

而对额外/附加功能的建议 立即考虑，拉请求是受欢迎的。

PY Wsi简介

py wsi提供了一系列python类和函数来处理 用于机器的完整幻灯片图像（wsi）或aperio.svs文件的数据库 学习，使用python openslide。py wsi提供了执行 从.svs文件进行修补程序采样、生成元数据和一些 存储选项：保存到Lightning内存映射数据库（LMDB），HDF5 文件或磁盘。

这些python函数处理整个幻灯片图像（wsi）或aperio .svs文件，用于深入学习，使用OpenSlidepy wsi提供功能 从.svs文件执行修补程序采样、生成元数据和 几个存储选项：保存到Lightning内存映射数据库 （LMDB）、HDF5文件或磁盘。

Lim等人在“An analysis of image storage systems for scalable training of deep neural networks”中 对最佳图像存储系统进行全面评估 考虑内存使用和访问速度。基于B+树的LMDB 键值存储，不是最节省内存的，但提供 最佳读取时间。

py wsi使用openslide python。根据Python OpenSlide website，“OpenSlide是一个C库 它提供了一个简单的界面来阅读整个幻灯片图像 称为虚拟幻灯片，是在 数字化病理学当 未压缩，因此无法使用标准工具或 图书馆，专为舒适的图像而设计 未压缩到RAM中。整个幻灯片图像通常 多分辨率；openslide允许读取少量图像数据 以最接近所需缩放级别的分辨率。”

注意：HDF5功能在版本1.2

github上的jupyter笔记本查看示例用法：Example usage of py-wsi

设置

此库依赖于以下内容，但可能与 以前的版本

python 3.6.1numpy 1.12.1openslidepython1.1.1

1. 检查setup.py中列出的依赖项；特别是openslide python 需要openslide和lmdb。python几何包 shapely用于从xml注释推断标签。

brew install openslide

1. 使用pip安装py_wsi

pip install py_wsi

1. 查看jupyter笔记本“使用py wsi”了解py wsi可以做什么 开始吧！

如有任何问题和反馈，请随时与我联系。