纯python实现Tabix阅读器。
puretabix的Python项目详细描述
纯塔比克斯
这是一个纯python Tabix索引解析器。可作为PySAM和PyTabix的替代品 如biogzpipcs和其他格式的biogzpipcs，用于快速读取索引到其他位置的文件。在
有关信息，请参见https://samtools.github.io/hts-specs/tabix.pdf和https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3042176 关于Tabix和详细的文件格式规范。在
frompuretabiximportTabixIndexedFiletabix_indexed_file=TabixIndexedFile(open('somefile.vcf.gz','rb'),open('somefile.vcf.gz.tbi','rb'))tabix_indexed_file.fetch("1",1000,5000)
发展
TL；DR:pip install -e .[dev] && pre-commit install
{a7忽略全局}
有关发布到PyPI的信息，请参见https://packaging.python.org/tutorials/packaging-projects/
python3 setup.py sdist && python3 -m twine upload dist/*
致谢
灵感来自https://github.com/cggh/scikit-allel/pull/297中的@yangmqglobe代码
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
