计算蛋白质描述符
propy3的Python项目详细描述
属性3
propy3是^{
创建这个propy分支的原因是添加了对python3的支持。在
您必须输入propy3的唯一一点是在安装时。之后，
你只要import propy。在
简介
序列衍生的结构和物理化学特征对 代表和区分不同结构的蛋白质或肽， 功能和相互作用性质，并已广泛应用于 蛋白质结构预测方法及软件开发 功能类，蛋白质-蛋白质相互作用，药物靶向相互作用， 蛋白质底物，蛋白质分子结合位点，亚细胞位置， 蛋白质结晶倾向和特定性质的肽。在 为了方便地应用蛋白质序列的这些结构特征 对于研究人员，我们使用纯python语言开发了一个propy包，它 可以从一个蛋白质序列中计算出大量的蛋白质描述符。在
特点
propy软件包具有以下显著特点：
- 它是用纯python语言编写的。它只需要一些人的支持 python软件中的内置模块。在
- 对于学术用户，它是免费的。他们可以自由使用和分发 它。出于商业目的，他们必须联系作者。在
- 它可以计算大量的蛋白质描述符，包括：氨基酸 组成描述符，二肽组成描述符，三肽 成分描述符，归一化Moreau-Broto自相关 描述符，Moran自相关描述符，Geary自相关 描述符、成分、过渡、分布描述符（CTD）， 序列序耦合数，准序序描述符，伪 氨基酸组成描述符，两亲性伪氨基酸 构图描述符。在
- 用户可以指定20种氨基酸所需的性质来计算 相应的蛋白质描述符。在
- 该软件包包括可以直接下载蛋白质的模块 按uniprot id排列uniprot网站
- 该软件包包括可以自动下载 属性。因此，用户可以计算出数千个 蛋白质特征。在
用propy计算的蛋白质描述符
- 氨基酸组成描述符（20）
- DPC：二肽组成描述符（400）
- 三肽组成描述符（8000）
- MBauto：规范化的Moreau-Broto自相关描述符（取决于给定的属性，默认值为240）
- Moranauto:Moran自相关描述符（取决于给定的属性，默认值为240）
- Gearyauto:Geary自相关描述符（取决于给定的属性，默认值为240）
- CTD：成分、过渡、分布描述符（CTD）（21+21+105=147）
- SOCN：顺序顺序耦合数（取决于maxlag的选择，默认值为60）
- QSO：准序列顺序描述符（取决于maxlag的选择，默认值为100）
- PAAC：伪氨基酸组成描述符（取决于lamda的选择，默认值为50）
- APAAC：两亲性伪氨基酸组成描述符（取决于lamda的选择，默认值为50）
安装
pip install propy3
使用示例
有关更多示例，请参阅用户指南。在
^{pr2}$- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
