Praline序列对齐工具
praline-aln的Python项目详细描述
praline
重新实施praline多序列比对程序。
功能
- 渐进式多序列比对
- 通过分层聚类和动态生成树（praline样式）
- 剖面轮廓成对对齐
- 支持仿射和线性间隙惩罚；支持任意间隙惩罚，速度降低
- MSA合并步骤的半全局全局对齐
- 本地、全局和半全局预配置文件生成
- 通过PSI-BLAST搜索改进预配置文件采样（需要本地安装NCBI BLAST+）
- 支持现成的核苷酸和氨基酸字母表
- 易于扩展到任意字母表（例如二级序列）
- 与公共替换矩阵（blosum）打包，可以提供给程序。
即将推出
- 嗯，就像每个位置的差距惩罚
- 加速大量序列树构建的启发式方法
- 更好的多线程处理可提高许多核心系统的扩展性
安装praline
要求
- Python2.7/Python3.6（早期的3.x版本也可以工作，但尚未测试）
- C编译器（需要C99支持）
- ncbi blast+（可选，用于使用psi-blast进行同源性搜索）
说明
通过克隆此存储库并运行（在shell中）：
python setup.py install
praline也可以在pypi上使用。您可以使用以下命令安装它：
pip install praline
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