Ont Research提供的组装、消费和分析工具。
pomoxis的Python项目详细描述
PoOxIS包括一套适用于纳米孔的基本生物信息学工具。 排序。特别是包括生成和分析草稿的工具 装配。研究数据分析使用了许多这样的工具 牛津纳米孔技术集团。
文档可以在https://nanoporetech.github.io/pomoxis/找到。
？2018牛津纳米孔技术有限公司
功能
- 使用已知的良好默认参数包装第三方工具 以及使用方法。
- 使用所有第三方工具创建隔离环境。
- 可与Conda一起安装。
- 简化常见的短分析链。
- 包括一个纳米孔读取模拟器。
- Minimap2和BWA的服务器/客户端组件。
- 集成到katuali 用于执行更复杂的分析管道。
- 开源（Mozilla公共许可证2.0）。
兼容性
PoOxIS是在Ubuntu 16.04上开发的，其他的近期应该是 同样兼容（见下面的构建说明）。PoOxIS是已知的 至少有些MacOS High Sierra配置，尽管有些组件， 值得注意的是，有些macos配置不起作用。 （OS和Xcode版本的组合）。
安装
PoOxIS的大部分功能依赖于三十方工具。这些 可以由用户提供，也可以在 提供Makefile使用conda安装
PoOxIS在^ {A4}上可用。 因此，可以使用以下软件轻松安装：
conda install pomoxis
使用pip安装
对于那些喜欢Python本地包管理者的人来说，PoOxIS也是可用的。 在pypi上，可以使用pip安装：
pip install git+https://github.com/rrwick/Porechop
pip install pomoxis
virtualenv pomoxis --python=python3 --prompt "(pomoxis) "
. pomoxis/bin/activate
pip install git+https://github.com/rrwick/Porechop
pip install pomoxis
使用此方法需要用户提供几个二进制文件：
把这些放在PATH里面。
从源安装
使用这种方法，PoMoxIS将自己安装到一个隔离的虚拟中。 环境。安装程序将直接获取、编译和安装所有 依赖于环境。如果您不想使用此方法 使用conda，但不会提供第三方二进制文件。Before installing pomoxis is may be required to install some prerequisite packages, best installed by a package manager. On Ubuntu these are:
- gcc-4.9
- g++-4.9
- zlib1g-dev
- libncurses5-dev
- python3-all-dev
- libhdf5-dev
- libatlas-base-dev
- libopenblas-base
- libopenblas-dev
- libbz2-dev
- liblzma-dev
- libffi-dev
- make
- python-virtualenv
- cmake (for racon)
- wget (for fetching modules from github)
- bzip2 (for extracting those modules)
要设置环境，请运行：
git clone --recursive https://github.com/nanoporetech/pomoxis
cd pomoxis
make install
. ./venv/bin/activate
porechop的安装（https://github.com/rrwick/Porechop） 需要比某些系统上可用的编译器更新的编译器。因此可能 在安装新的编译器和设置环境变量之前 步骤：
# For porechop to be compiled on older systems set these, e.g.:
export CXX="g++-4.9" CC="gcc-4.9"
还要注意，racon至少需要gcc>=4.8.5到
compile smoothly。
不编译第三方二进制文件的安装
在一个预先存在的（虚拟）环境中运行以上可能会失败； Advanced可能只想运行
python setup.py install
以标准方式在编译下面列出的第三方程序之后
并确保它们出现在PATH上。setup.py脚本可以复制
如果二进制文件放在
目录名为bincache，位于setup.py旁边。利用这个设施
运行：
pip install -r requirements.txt
POMO_BINARIES=1 python setup.py install
第三方二进制文件
该发行版捆绑了一些常见的生物信息学工具：
- 最小
- 最小AP2
- racon
- samtools
- BCF工具
- sekkit
- 波切
帮助
许可和版权
？2018牛津纳米孔技术有限公司
pomoxis根据mozilla公共许可2.0的条款发布。
研究版
提供研究报告作为技术示范，以便尽早提供 获得特征或刺激社区工具开发。支持 这个软件将是最小的，只由开发人员直接提供。 欢迎功能请求、改进和讨论 通过分叉和拉取请求实现。不管我们怎么想 喜欢纠正用户可能有的每一个问题和反馈， 开发人员支持此软件的资源可能有限。研究 释放可能不稳定，并受到牛津纳米孔快速迭代的影响 技术。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
