PolyMID是一个用于分析stableisotope跟踪数据的软件包。
PolyMID的Python项目详细描述
多胺
PolyMID是一个功能软件包，可用于分析稳定同位素示踪实验中收集的数据。在
在多米蒂。对吗（）是一个函数，它消除了稳定同位素示踪实验中自然存在的重同位素的影响 如果在没有任何输入的情况下调用它，则会提示用户导航到可以读取输入的文本文件。文本文件的格式必须如下所示：
片段名称：色氨酸质子化 碎片式：C11H13N2O2 可采集标签：C11H13N2O2 MIDm:0.88885 0.106829 0.004322 贴标：C 示踪剂富集：1 标签编号：1 高度：不
FragmentName和FragmentFormula指定代谢物片段的名称和公式。对于使用电喷雾电离的LCMS系统分析，碎片通常是整个代谢物。对于使用电子电离的GCMS系统分析，片段通常是整个代谢物衍生形式的一部分。值CanAcquireLabel指定片段中的哪些原子可以从跟踪器中获取标签。只考虑与示踪剂元素相同的原子。如果片段公式与代谢物公式相同，则此输入可能与输入公式相同。然而，如果片段是代谢物的衍生版本，衍生化剂的原子不能从示踪剂中获得标签，因此应从输入中排除。MIDm值是测量时代谢物碎片的质量同位素分布。这个值，LabeledElement，是示踪分子上重同位素标记元素的化学符号。这个值，示踪剂富集，是被标记的示踪分子的化学种类的百分比。这个值，LabelEnrichment，是示踪剂上被标记为重同位素的标记位置上的原子分数。最后，HighRes是一系列被空间隔开的元素化学符号，其由于重同位素的加入而引起的质量位移与被标记元素的质量位移是不同的。HighRes也可以取none和all的值来表示由于所有或没有化学物种的重同位素的合并而引起的质量转移，可以分别与标记元素的重同位素区分开来。在
打开Terminal（MacOS或Linux）或Cmd（Windows）窗口，键入命令Python3来启动Python3解释器。Python3解释器现在正在终端或Cmd窗口中运行。键入命令Import PolyMID以加载PolyMID软件。PolyMID Correct是PolyMID软件包的一部分。要运行Poly MID Correct，请键入命令Output=多米蒂。对吗(). 将打开一个访问操作系统目录的窗口。导航并选择文本文件，该文件指定按照上一节中的说明格式化的输入值。完成后，程序将运行并打印更正的MID。在打印输出被截断的情况下，可以使用命令访问更正的MID，输出.MIDc. 在
也可以直接从python解释器命令行指定输入，如下所示：
FragmentName = 'TryptophanProtonated' FragmentFormula = 'C11H13N2O2' CanAcquireLabel = 'C11H13N2O2' MIDm = [0.88885, 0.106829, 0.004322] LabeledElement = 'C' TracerEnrichment = 1 LabelEnrichment = 1 HighRes = ['N', 'O', 'H']
接下来，将变量保存到单个“片段”对象中，输入：
Input = PolyMID.Fragment(FragmentName, FragmentFormula, CanAcquireLabel, MIDm, LabeledElement, TracerEnrichment, LabelEnrichment, HighRes)
最后，运行PolyMID Correct，将输入变量传递给它：
Output = PolyMID.Correct(Input)
完成后，程序将运行并打印更正的MID。在打印输出被截断的情况下，可以使用命令访问更正的MID，输出.MIDc. 在
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