全数字化显微镜、全幻灯片成像及病理数据的通用性
pma-python的Python项目详细描述
pma_python是pma.start(http://free.pathomation.com)的python包装库, 一个通用的观察者,通过病理学的方法对整个幻灯片进行成像和显微镜检查。
您需要运行pma.start(或pma.core)才能使用它 图书馆。pma_python不是wsi的独立库。
如果您正在使用
- 您是否厌倦了为每个特定于供应商的数字幻灯片格式使用不同的库
- 图像分析软件,您是否正在寻找一种方法来完全控制您的算法(而不仅仅是能够选择为您提供的算法)
- 组织学/病理学的新评估方法,您是否希望现在有一种方法可以在100张幻灯片上自动评估(批处理)
在python中完成所有这些,然后pma.start和 Python是给你的!
pma.start可以从http://free.pathomation.com免费下载
使用pma_python,您可以检查和导航任何类型的 提供显微成像文件格式。不管你有没有 宏观观察、全幻灯片成像数据或荧光 快照观察,我们现在可以将其全部引入python。
当前支持以下供应商格式:
- tiff(.tif,.tiff)与jpeg、jpeg2000、lzw、deflate、raw、rle结合使用
- JPEG(.jpeg,.jpg)
- JPEG 2000(.jp2)
- PNG(.png)
- 带无损JPEG、JPEG、RAW的Olympus VSI(.vsi)
- Ventana/Roche Bif(.bif)
- Hamamatsu(.vms、.ndpi、.dcm)和JPEG、JPEG2000
- 休伦科技公司(.tif)
- 3dhistech(.mrxs),带jpeg、png、bmp
- 带有JPEG、JPEG2000的纸张/徕卡(.svs、.cws、.scn、.lif、dicomdir)
- 卡尔蔡司(.zvi,.czi,.lsm),带原始、PNG、JPEG、LZW、deflate、JPEG2000
- 开放式显微镜环境OME-TIFF(.tf、.tf8、.btf、.ome.tif)
- 尼康(.nd2,.tiff),带deflate、jpeg、jpeg2000、lzw、deflate、raw、rle
- 飞利浦(.tif),带jpeg、jpeg2000、lzw、deflate、raw、rle
- 樱花(.svslide),带JPEG(sqlite2、sqlite3、mssql)
- 美纳里尼(.ini)原味
- MOTIC(.mds)
- 使用JPEG、JPEG2000、LZW、deflate、raw、rle的缩放(.zif)
- 带JPEG、BMP的SmartZoom(.szi)
- 客观成像/glissano(.sws)
- Perkin Elmer(.qptiff)
支持的文件格式的最新列表可以在 http://free.pathomation.com/formats