一种在不丢失信息的情况下减小牛津纳米孔技术数据集大小的工具。
picopore的Python项目详细描述
安装
通过pypi安装
最新稳定版本的Picopore在Pypi上可用。使用以下命令安装：
pip install picopore
通过conda安装
picopore和依赖项也可以使用conda安装。
conda install picopore -c bioconda -c conda-forge
从源安装
对于出血边缘，请从github克隆并安装。
git clone https://www.github.com/scottgigante/picopore cd picopore python setup.py install
目前， h5py 仅在windows上通过conda
要求
Picopore在Python2.7、3.4、3.5、3.6或3.7上运行，带有开发头（ Python dev 或类似的头文件）。
Picopore需要 HDF5工具的 h5repack ，可以是 下载位置：https://support.hdfgroup.org/downloads/index.html" rel="nofollow">https://support.hdfgroup.org/downloads/index.html或 使用sudo apt get安装hdf5工具或类似工具。
picopore需要以下python包：
- h5py
- 未来
- 看门狗 （用于实时压缩）
此外， h5py 需要hdf5 1.8.4或更高版本（ libhdf5 dev 或类似版本）。解决 h5py 依赖关系的困难可以通过从包管理器安装，使用 sudo apt get install python-h5py 或类似方法来解决。
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