微生物分离株和基因组的精确系统发育分析
PhyloPhlAn的Python项目详细描述
PhyloPhlAn公司
PhyloPhlAn是一个集成的管道，用于基因组和易位基因组的大规模系统发育分析。 PhyloPhlAn是一种准确、快速、易于使用的方法，可用于大规模的微生物基因组鉴定和多层次的系统发育分析。 PhyloPhlAn可以将基因组和集合基因组（MAGs）分配到物种级基因组库（SGBs）。 PhyloPhlAn可以使用支系特异性最大信息量的系统发育标记重建菌株级系统发育，也可以扩展到包含超过17000个微生物物种的非常大的系统发育。在
安装
比奥康达
您可以使用conda安装PhyloPhlAn，如下所示：
conda install -c bioconda phylophlan
存储库
您可以从GitHub克隆PhyloPhlAn存储库：
^{pr2}$然后记得检查Dependencies and Tools是否处于暂停状态并且在您的系统中可用。在
教程
- PhyloPhlAn User manual
- PhyloPhlAn Tutorials
- PhyloPhlAn Example 1: Phylogenetic characterization of isolate genomes of a given species (S. aureus)
- PhyloPhlAn Example 2: Prokaryotes Tree of life reconstruction
- PhyloPhlAn Example 3: Metagenomic analysis of the Ethiopian cohort
- PhyloPhlAn Example 4: High-resolution phylogeny of genomes and MAGs of a known species (E. coli)
- PhyloPhlAn Example 5: Phylogenetically characterization of an unknown SGB from the Proteobacteria phylum
支持
我们通过the bioBakery help forum和{a10}的问题跟踪系统提供支持。在
引文
如果您使用PhyloPhlAn，请引用以下论文：
使用PhyloPhlAn 3.0对微生物分离物和易位基因组进行精确的系统发育分析
^em1{em1}$Francesco Asnicar，Andrew MaltezThomas，Francesco Beghini，Claudia Mengoni，SerenaManRa，SerenaManRa，Paolo Manhi，奇云ZYun ZEEM>，QyuZYEMM>，Mattia Boltan，^{{em1}$Mattia Boltia Bolan，^
国家公社112500（2020年）
DOI:https://doi.org/10.1038/s41467-020-16366-7
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