面向对象的蛋白质数据库文件处理

pdb-objects的Python项目详细描述


PDB对象

一组面向对象处理pdb文件记录的类

?2019乔治·D·沃森,约克大学 (https://georgewatson.me

有麻省理工学院的执照。请参阅许可证文件。

此软件包在 a post on my blog

支持以下记录类型:

  • ATOM
  • HETATM
  • TER
  • HELIX
  • SHEET

当前未实现其他记录类型,但可以在 请求。

公开以下类:

  • PDBRecord(通常不应直接使用,除非用于实现 另一种记录类型)
  • Residue
  • Coords
  • Atom(用于atom和hettm记录)
  • Helix
  • Sheet
  • Ter

公开以下公共功能:

  • read_atom
  • read_helix
  • read_sheet
  • read_ter
  • read_record
  • read_pdb

有关详细信息,请参见类、函数和方法docstrings。

安装

可用on PyPI。 使用pip3 install pdb-objects安装, 然后将import pdb_objects放在脚本的顶部。

或者,克隆 this repository

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