WWPDB中电子密度图的分析方法
pdb-eda的Python项目详细描述
说明
pdb-eda包提供了一个简单的python工具，用于解析和分析电子密度图数据 可从全球蛋白质数据库（PDB）获得。
- PDB EDA包目前提供的设施可以：
- 将.ccp4格式文件解析为它们的对象表示形式。
- 解析.pdb格式文件以获取对BioPython包中bio.pdb模块免费的信息。
- 分析原子/残基/链水平上的电子密度图 用电子数来解释电子密度。
完整的api文档、用户指南和教程可以在readthedocs
安装
pdb_eda在python3.4+下运行，可通过python3 pip获得。 通过pip安装或克隆git repo并安装以下依赖项，您就可以开始了！
在Linux、Mac OS X上安装
python3 -m pip install pdb_eda
依赖性
pdb-eda需要以下python库：
手动安装依赖项：
pip3 install biopython pip3 install pandas pip3 install numpy pip3 install scipy pip3 install docopt pip3 install jsonpickle
基本用法
pdb eda包可以用几种方式使用：
As a library for accessing and manipulating data in PDB or CCP4 format files.
Create the pdb_eda.densityAnalysis.fromPDBid generator function that will generate (yield) single pdb_eda.densityAnalysis instance at a time.
Process each pdb_eda.densityAnalysis instance:
- Generate symmetry atoms.
- Generate red (negative density) or green (positive density) blob lists.
- Process PDB structures to aggregate cloud.
- Calculate atom blob list and statistics.
作为命令行工具：
- Calculate statistics of a single PDB structure.
- Calculate aggregated statistics of multiple PDB structures.
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