paw-dft波函数数值分析的并行c/python软件包
pawpyseed的Python项目详细描述
pawpyseed
https://kylebystrom.github.io/pawpyseed/
警告：pawpyseed仍处于早期开发阶段：某些功能尚未经过彻底测试。 对重叠算子的评估进行了测试，但有些特性仍需要更深入的测试。 此外，安装仅在几个系统（所有Linux）上进行过测试。
pawpyseed是一个并行的python和c工具，用于读取和 优化的频带结构和波函数分析 VASP DFT计算。代码是为paw编写的 由P.E.Blochl开发并实现的形式主义 在Vasp.
安装
安装pawpyseed唯一棘手的部分是链接到英特尔数学内核库 （MKL）。在配置文件的帮助下，有很多方法可以做到这一点。做你自己的， 在主目录中创建一个名为.pawpyseed site.cfg的文件。此文件允许您 自定义pawpyseed的配置设置。使用python读取 configparser模块https://docs.python.org/3/library/configparser.html。如果你不 要了解配置文件选项，请跳到"简单方法"以快速完成此操作。
可定制的方式
选项（默认设置）如下：
[compiler]
# Name of the compiler to be used. By default, let's the setup script choose this.
compiler_name = <no default> # Examples: icc or gcc
# Name of the linker to be used. By default, let's the setup script choose this.
# NOTE: Don't forget the -shared tag for icc or gcc!
# NOTE: If compiler_name is set and linker_name is not,
# linker_name is set to compiler_name with the -shared tag appended.
linker_name = <no default> # Examples: icc -shared or gcc -shared
[mkl]
# MKL installation directory. <root>/lib or <root>/lib/intel64 must contain
# the MKL shared object libraries, while <root>/include must containn the MKL headers.
# Many systems have the environment variable
# MKLROOT set for this, so you can set this to the output of:
# echo $MKLROOT
# If you pip install mkl-devel, this goes to /usr or /usr/local.
# If you pip install mkl-devel --user, this goes to ~/.local
# (or the equivalents for your system).
root = <no default>
# Don't change this. Might be used in the future but currently has no effect.
interface32 = True
# Whether to compile with the single dynamic library libmkl_rt.so.
# If you are having installation/performance problems, try setting sdl=True,
# pip installing mkl-devel with the --user option, set root=~/.local,
# and set the environment variable MKL_THREADING_LAYER=sequential
# when using pawpyseed.
sdl = False
[threading]
# Whether to use omp_loops. If False, pawpyseed doesn't do any parallelization
# on its own, though its calls to MKL, BLAS, LAPACK, etc might be
# threaded by MKL.
omp_loops = True
# Whether to use threading for MKL. OVERRIDDEN if sdl=True, in which case
# MKL is threaded by default and you can run sequentially by
# setting the environment variable MKL_THREADING_LAYER=sequential
# when using pawpyseed.
# NOTE: ONLY SET THIS TRUE IF COMPILING WITH icc (OR gcc with omp_loops=False),
# and only if you are very concerned about speed. This is because gcc
# cannot do nested parallelism with MKL
threaded_mkl = False
# NOTE: Do not link to icc-compiled MKL libraries when compiling the C
# extension with gcc or vice versa. Use like type compilers.
简单的方法
英特尔简易方法
如果您有icc，请在~/.pawpyseed site.cfg中设置compiler=icc，然后
将根目录设置为mkl安装目录。设置sdl=true。你的MKL发行版也必须
已使用英特尔编译器编译。运行setup.py脚本或pip install pawpyseed
GNU简易方法
首先，在本地安装中安装mkl-devel
pip install mkl-devel --user
将 或者使用 这已经在科学Linux 7和Linux Mint 18上测试过了，
但它应该适用于
包和环境变量定义如下。 如果在运行时使用此方法获得链接问题，请尝试设置
所有依赖项指示测试的最低版本。
pawpyseed在早期版本中可能工作得很好，但是
官方不支持使用旧版本。 python要求： c要求： 如果您不想 投影增强波（paw）方法是一种技术
用于平面波密度泛函理论的简化
核附近波函数的描述
一个系统。原子附近的强大库仑力
原子核产生快速振荡的波函数
平面波不能很好地描述
大基集，所以引入了"伪势"
在原子核附近
平面波很好地描述了"伪波函数"。这个
完整的波函数可以通过lin恢复耳变换
关于伪波函数。paw方法需要
三组功能：投影仪功能
投影伪波函数来探测它们的特性；
描述原子价态的全部分波
由真势和伪偏波导出，
它们是由全部分波和
赝势。 投影仪的功能和部分波是独一无二的
存储在potcar文件中的每个元素
用于VASP计算。伪波函数
是在DFT中优化的波函数的一部分
计算并存储在WaveCar输出文件中
在VASP。pawpyseed解析两个文件以检索
全部kohn-sham波函数的所有部分。 pawpyseed的主要目的是评估重叠
kohn-sham波函数之间的算子
结构，这不是由标准的平面波dft码来完成的。
这样的功能对于分析组合很有用
固体中的缺陷水平，这是其主要应用
代码当前处于焦点。 PawPyseed中的代码基于以下几种算法和代码
这里， 如果您发现pawpyseed有用，请通过
引用您研究中的以下论文： 您可以在这里查看本文：https://arxiv.org/abs/1904.11572 找到虫子了吗？不清楚记录的代码区域？其他问题？随时联系
kyle bystrom，网址为kylebystrom@gmail.com，主题为"pawpyseed:<；topic>；"
和/或在github页面上创建一个问题，网址为https://github.com/kylebystrom/pawpyseed" rel="nofollow">https://github.com/kylebystrom/pawpyseed 欢迎加入QQ群-->： 979659372
site.cfg.default从pawpyseed存储库复制到~/.pawpyseed site.cfg。
打开它并在[mkl]标题下设置root=<；您的主目录>；/.local
并通过移除来取消注释。然后运行< /P>python setup.py build
python setup.py install
pippip install pawpyseed
sdl=true在配置文件中，然后设置环境
变量mkl_threading_layer=顺序依赖关系
Python>=3.5
numpy>=1.14
scipy>=1.0
pymatgen>=2018.2.13
sympy>=1.1.1
matplotlib>=0.2.5
icc >= 16.0.4 OR gcc >= 4.8.5
Intel Math Kernel Library >= 11.3.4
pip安装intel mkl，
它可以免费安装在各种平台上。
大多数计算集群都有intel mkl，您可以安装它
在您的桌面（或您有根访问权限的任何系统）上执行以下操作
相关说明见以下网址：
https://software.intel.com/en-us/articles/free-ipsxe tools and libraries理论和输入
PAW
文件
代码
实施
当前功能
未来功能
致谢
引用
@ARTICLE{2019arXiv190411572B,
author = { {Bystrom}, Kyle and {Broberg}, Danny and {Dwaraknath}, Shyam and
{Persson}, Kristin A. and {Asta}, Mark},
title = "{Pawpyseed: Perturbation-extrapolation band shifting corrections for point defect calculations}",
journal = {arXiv e-prints},
keywords = {Condensed Matter - Materials Science},
year = "2019",
month = "Apr",
eid = {arXiv:1904.11572},
pages = {arXiv:1904.11572},
archivePrefix = {arXiv},
eprint = {1904.11572},
primaryClass = {cond-mat.mtrl-sci},
adsurl = {https://ui.adsabs.harvard.edu/abs/2019arXiv190411572B},
adsnote = {Provided by the SAO/NASA Astrophysics Data System}
}
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