PathMe的一个插件，允许跨路径数据库探索重叠
pathme-viewer的Python项目详细描述
此Web应用程序旨在方便查询、浏览和导航在生物学中形式化的路径知识 表达语言（BEL）。当它与PathMe平行建造时， 有助于探索由这个包协调的数据库，pathme查看器支持可视化 BEL文件的。 BEL文件可以存储在PathMe查看器的数据库中，因此可以在主页面中进行查询。在本页中，用户可以 选择多个BEL文件（路径）以用户友好的可视化方式呈现相应的合并网络 由多种内置功能支持。
此Web应用程序可在http://pathme.scai.fraunhofer.de/处公开访问，但可以使用 Docker或PYPI（请参阅安装/部署部分）。
引文
如果你在工作中使用pathme，请引用[1]：
| [1] | Domingo-Fernández, D., et al. (2018). PathMe: Merging and exploring mechanistic pathway knowledge. bioRxiv 451625. |
如何使用
探索通过这个web应用程序的途径很简单。首先，从不同的数据库中选择一组路径。到 选择一条路径，首先选择一个数据库，然后自动完成表单将引导您找到 对你感兴趣。选择路径后，单击“浏览”按钮以呈现合并的网络 对应于选定的路径。
生成的网络在下一页中可视化，其中多个功能支持对 路径。
安装
可以通过PyPI在 终端：
$ python3 -m pip install pathme_viewer
或者来自GitHub上的最新代码，使用：
$ python3 -m pip install git+https://github.com/ComPath/PathMe-Viewer.git@master
数据库
为了使用viwer可视化bel文件，必须将它们加载到数据库中。以下命令 加载由pathme转换为bel的数据库（注意，它第一次运行可能需要几个小时）。 此外，用户可以自定义到其他bel文件或数据库的导入（请参见documentation page）。
python3-mpathme_viewermanageload
为了检查数据库的状态，您可以运行：
python3-mpathme_viewermanagesummarize
运行以下命令可以删除数据库的内容：
python3-mpathme_viewermanagedrop
展开
如果已经将pathme查看器安装为python包，并且已经填充了数据库，现在 您可以通过运行以下命令来部署Web应用程序：
python3-mpipinstallpathme_viewerweb
请注意，默认情况下，数据库在以下端口中运行：http://0.0.0.0:5000/。烧瓶主机和端口可以是 通过更改默认参数进行修改（运行：“python3-m pathme_viewer web–help”获取更多信息）。
使用Docker部署PathMe查看器
要在本地快速部署web应用程序，还可以使用docker。这可以通过运行以下命令来实现 安装Docker后的命令。
- 生成名为“pathme”版本0.0.1的容器（在使用 吉特）。
docker build -t pathme:0.0.1 .
- 运行Docker Pathme容器版本0.0.1。
docker run --name=pathme -d -p 5000:5000 --restart=always -d pathme:0.0.1
注意：docker文件应该在http://127.0.0.1:5000/上运行。如果要更改主机/端口 请修改dockerfile（第55行）和src/bin/bootstrap.sh（第23行）。
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