partseg是用于生物成像分析的python图形用户界面
PartSeg的Python项目详细描述
零件段
partseg是用于分割算法的gui和库。
此应用程序旨在帮助生物学家进行分割 基于阈值和连接组件
教程
安装
- 从二进制文件：
- 使用pip（在linux上，您需要更早地安装
numpy和cython）- 来自pypi:
pip install PartSeg - 来自存储库：
pip install git+https://github.com/4DNucleome/PartSeg.git
- 来自pypi:
运行
如果下载二进制文件，请在PartSeg文件夹中查找PartSeg_exec文件
如果从存储库或pip安装，则可以使用PartSeg命令或python -m PartSeg运行它。
第一个选项在Windows上不起作用。
partseg导出一些命令行选项：
--no_report-禁用向作者报告错误--no_dialog-禁用向作者报告错误并显示错误对话框。仅在从终端运行时使用。segmentation_analysis-跳过启动程序并启动分析图形用户界面segmentation-跳过启动程序并启动分段图形用户界面
附加说明：
当前版本的partseg使用tifffile包读取*.tiff文件。因为新版本易于安装
只在窗户上。如果使用imagecodec手动安装，它应该可以工作。
保存格式
保存的项目是用gzip或bz2压缩的tar文件
元数据保存在data.json文件中（json格式） 图像/掩码保存为*.npy（numpy数组格式）
接口
发射装置。选择要启动的程序：
分割分析主窗口：
分割分析主窗口，查看测量结果：
用于创建测量集的窗口：
掩模分割主窗口：
实验室
功能和结构基因组学实验室 http://4dnucleome.cent.uw.edu.pl/
欢迎加入QQ群-->： 979659372
