param-medic 0.2

用法：

param medic[–选项]<；光谱文件>；+

说明：

在鸟枪蛋白质组学分析中，搜索引擎比较串联质量 用理论谱制作肽谱的光谱分析 匹配（PSM）。正确选择各种参数对于 获得良好的搜索性能。尤其是，

• 前体质量耐受性定义了所考虑的肽候选 对于每个频谱，以及
• 碎片质量公差（或箱子大小）决定了观察到的距离 理论碎片必须被认为是匹配的。

对于这些参数中的每一个，设置太大会随机产生 高分假psm，太小则不包括真psm。

param medic发现可能 由同一肽产生并利用这些对推断最佳 彗星、潮汐和其他搜索引擎的搜索参数。如果 提供多个输入文件，然后将它们一起处理。

如果发现的成对光谱太少，或者 观测到的前兆m/z值似乎是人为的 操纵。

在得到许可的情况下，param medic使用了jacob重新利用的代码 施赖伯的Pomegranate 混合建模软件。

输入

• <；spectra file>；+：要分析的一个或多个文件的路径 碎片光谱，采用.mzml或.ms2格式。

输出

程序打印到标准输出的估计参数值 前体质量耐受性（单位：ppm）和碎片箱尺寸（单位：th） 作为估计误差分布的标准差 前体和碎片块。

选项

• - MIN前体MZ：考虑最小前体M/Z值。
最大前体M/Z值要考虑。 最小值m/z值要考虑。 最大值m/z值要考虑。
• –最小扫描碎片峰值：MS/MS扫描必须达到的最小碎片峰值 包含要考虑的内容。
最大前驱体增量PPM：前体最大PPM距离 m/z值考虑由同一个 肽。
• –电荷：考虑质谱/质谱光谱的前体电荷状态。 理想情况下，这应该是 给定的数据。
• -顶-N-碎片峰：最强烈碎片峰的数量 按ms/ms谱考虑。
• –pair-top-n-frag-peaks：每个谱对的片段峰数 用于碎片误差估计。
• –Min Common Frag Peaks：两个 光谱必须共享才能由相同的 肽。
• 最大扫描间隔：最大扫描次数可为两个光谱 分隔为，以便考虑由 同样的肽。
• –最小峰对：最小峰对数（用于前体或 片段）必须成功配对才能尝试 估计误差分布。
• –调试：如果设置了此标志，将启用详细调试日志记录。