PanPhlAn是一个菌株级的宏基因组分析工具，用于鉴定基因组样本中单个菌株的基因组成和转录活性。PanPhlAn对未知病原体的应变追踪和功能分析能力使其成为培养鸡传染性暴发流行病学和微生物种群研究的有效工具。
panphlan的Python项目详细描述
自述文件
PanPhlAn 3-菌株检测和鉴定
基于泛基因组的系统基因组分析
PanPhlAn是一种用于鉴定菌株水平的宏基因组分析工具 基因组样本中单个菌株的基因组成。 PanPhlAn应变跟踪能力及未知函数分析 病原体使其成为无培养微生物种群研究的有效工具。在
PanPhlAn是用Python编写的，包括4个主要任务：
panphlan_download_pangenome.py，下载3000多个物种的泛基因组文件（fasta、BowTie2索引和一般信息）panphlan_map.py，通过将每个宏基因组样本与感兴趣的物种进行比对来分析panphlan_profile.py，对定位结果进行合并处理，得到最终的基因存在/缺失矩阵panphlan_find_gene_grp.py，组织光学聚类，找到一些具有相似特征的基因，并评估它们是否可以作为基因组中的移动元素。同时绘制存在/不存在矩阵作为热图。在
PanPhlAn在Ubuntu/Linux下运行，需要在您的系统上安装以下软件工具：
- TIE2弓
- Samtools公司
- Python3
以及以下Python库：
- numpy公司
- 熊猫
- 神经质的
- sklearn（仅当使用
panphlan_find_gene_grp.py）
如果进行可视化，还需要： - matplotlib库
- 海生的
有关任何帮助，请参阅wiki或bioBakery forum
[潘普兰]是意大利特伦托大学Computational Metagenomics Lab at CIBIO的一个项目
- 项目
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