PAME 0.3.2

iPython笔记本电脑

其中一些是传统的教程，另一些是我们实验室分析数据的示例。

• Simultation Parsing Tutorial

• Gold Nanoparticle Self-Assembly Compared to Experimental Data

  • Experimental datasets are preloaded in scikit-spectra library

• Simulating a Refractometer
• Protein binding to gold nanoparticle film
• Gold and Silver Nanoparticle Combined Layer 1
• Gold and Silver Nanoparticle Combined Layer 2

屏幕广播

教程是累积的（如屏幕广播2在1结束的地方拾取）。

Pame的教程是一系列的屏幕广播。

• 屏幕广播1：Introduction to PAME- Anti-reflective coatings
• 屏幕广播2：Introduction to Nanoparticles
• 屏幕广播3：Nanoparticle film with silica shell
• 屏幕广播4：Nanoparticle film with protein shell
• 屏幕广播5：Intro to Fiberoptic Dip Sesnosr
• 屏幕广播6:Multiplexed Dip Sensor with Gold and Silver Nanoparticles
• 屏幕广播7:Gold Nanoparticle Fiber Dip Sensor Simulation
• 屏幕广播8:Dip Sensor with Organosilane Layer

pypi

由于pame需要很多依赖项，这可能会升级numpy、scipy、ipython和其他核心scipy库。

从pip安装

pip install PAME

如果这给了您一个错误(maybe for this reason)，请执行以下操作。

将PAME sourcecode作为zipfile下载并解压缩。cd进入解压缩目录

cd /path/to/PAME

从源安装

python setup.py install

从pip安装依赖项

pip install -r requirements.txt

如果尚未配置qt后端，则可能还需要安装qt后端<；http://pyqt.sourceforge.net/docs/pyqt4/installation.html>；。

条件

我使用水蟒是因为它有一个优秀的虚拟环境管理器。优点在于，您可以只为pame安装一个干净的工作环境，而不必更改任何其他包。有关conda虚拟环境的教程，check this out。要在anaconda中配置pame环境，请先安装anaconda，然后执行以下操作：

1. 创建一个干净的虚拟环境（我的名为pamevenv）

   conda create -n PAMEvenv anaconda

这将安装几个必需的科学软件包，包括numpy、pandas和ipython。

1. 激活环境

   source activate PAMEvenv

2. 安装pame（下载pame源代码并解压缩，然后导航到目录）

   cd /path/to/PAMEdirectory python setup.py install

3. Conda安装/升级依赖项

   conda install traits traitsui mayavi chaco mpmath PIL

4. 停用虚拟环境

   source deactivate

依赖关系

pame依赖项的完整列表在requirements.txt文件中。您可能还需要安装qt后端<；http://pyqt.sourceforge.net/docs/pyqt4/installation.html>；。