用于创建artemis/artemis比较工具文件的命令行和gui工具。

Oread的Python项目详细描述


#奥莱德 _/_r_ad/u

用于创建artemis/artemis比较工具文件的命令行和gui工具。

#安装 目前,此软件包有许多依赖项:

  • Install a miniconda distribution (or anything that allows access to a pythonw binary but miniconda is recommended (later this tool may be installable via conda)
  • Install biopython (very easy via conda with $ conda install -c bioconda biopython)
  • Ensure you have the BLAST+ suite installed (NOT legacy BLAST). Also very easy via conda: $ conda install -c bioconda blast
  • Finally, the GUI depends on the non-standard module Gooey. Install it via conda with: $conda install -c krrishnarraj gooey or via pip with pythonw -m pip install gooey

#跑步 到目前为止,这只在macos上测试过。为此,需要python的“框架”版本。 这可以通过强烈建议的conda安装,然后脚本运行 双星:

$ pythonw Artemisia.py

这会打开窗户。如果将aremisia.py脚本设置为可执行(它应该已经是可执行的) 要在默认情况下使用终端打开(选择文件,command+i,然后更改默认值),可以启动 双击。

该程序也可以从命令行运行,方法是提供–ignore goey选项来禁用gui。

$ python Oread.py –ignore-gooey <…options…>

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