用于创建artemis/artemis比较工具文件的命令行和gui工具。
Oread的Python项目详细描述
#奥莱德 _/_r_ad/u
用于创建artemis/artemis比较工具文件的命令行和gui工具。
#安装 目前,此软件包有许多依赖项:
- Install a miniconda distribution (or anything that allows access to a pythonw binary but miniconda is recommended (later this tool may be installable via conda)
- Install biopython (very easy via conda with $ conda install -c bioconda biopython)
- Ensure you have the BLAST+ suite installed (NOT legacy BLAST). Also very easy via conda: $ conda install -c bioconda blast
- Finally, the GUI depends on the non-standard module Gooey. Install it via conda with: $conda install -c krrishnarraj gooey or via pip with pythonw -m pip install gooey
#跑步 到目前为止,这只在macos上测试过。为此,需要python的“框架”版本。 这可以通过强烈建议的conda安装,然后脚本运行 双星:
$ pythonw Artemisia.py
这会打开窗户。如果将aremisia.py脚本设置为可执行(它应该已经是可执行的) 要在默认情况下使用终端打开(选择文件,command+i,然后更改默认值),可以启动 双击。
该程序也可以从命令行运行,方法是提供–ignore goey选项来禁用gui。
$ python Oread.py –ignore-gooey <…options…>