ont-h5-validator 2.0.1

h5验证程序-用于根据架构测试fast5文件的验证工具

ont_h5_validator是验证fast5文件结构的简单工具 与Oxford Nanopore Technologies维护的文件模式相反

• 源代码：https://github.com/nanoporetech/ont_h5_validator

它提供：

• 用于验证fast5文件的命令行验证工具
• 指定fast5标准的json格式数据模式

nbh5\u验证器用于验证 最新的Minknow Core。这些模式目前旨在限制和 因此附加字段（例如由albacore或guppy添加的字段） 架构中不需要，并标记为无效。

开始

pypi上提供了ont_h5_validator，可以通过pip安装：

pip install ont-h5-validator

或者，它可以在github上获得，在那里可以从源代码构建它：

git clone https://github.com/nanoporetech/ont_h5_validator
cd ont_h5_validator
python setup.py install

界面-控制台脚本

ont_h5_validator提供用于验证fast5文件的控制台脚本 针对json模式。此脚本是在安装此 可以从命令行或从python中调用。

h5_validate
    schema <(path) json schema file (see note-1)>
    filename <(path) fast5 file>
    [optional] -v, --verbose <(bool) show additional verbose output; default=False>
    [optional] --debug <(bool) include additional debug logging; default=False>

h5_validate multi_read_fast5.yaml /data/multi_read.fast5 -v