ome-zarr 0.0.17

信息

使用ome_zarr命令来查询zarr数据集：

# Remote data
$ ome_zarr info https://s3.embassy.ebi.ac.uk/idr/zarr/v0.1/6001240.zarr/

# Local data (after downloading as below)
$ ome_zarr info 6001240.zarr/

下载

要下载图像的所有分辨率和元数据：

# creates local 6001240.zarr/
$ ome_zarr download https://s3.embassy.ebi.ac.uk/idr/zarr/v0.1/6001240.zarr/

# Specify output directory
$ ome_zarr download https://s3.embassy.ebi.ac.uk/idr/zarr/v0.1/6001240.zarr/ --output image_dir

napari插件

Napari将使用ome zarr打开插件识别为ome zarr的图像。 来自OMERO的图像元数据将用于设置频道名称和渲染设置 在纳帕里：

$ napari 'https://s3.embassy.ebi.ac.uk/idr/zarr/v0.1/6001240.zarr/'

# Also works with local files
$ napari 6001240.zarr

或者在python中：

import napari
with napari.gui_qt():
    viewer = napari.Viewer()
    viewer.open('https://s3.embassy.ebi.ac.uk/idr/zarr/v0.1/6001240.zarr/')

如果单个zarray被传递给插件，它将被打开而不使用 元数据：

$ napari '/tmp/6001240.zarr/0'

csv到标签

csv_to_labels命令使用csv文件添加键：值属性到标签 在一个OME Zarr图像或图版下。在

OME Zarr标签元数据必须已经包含属性列表{键：值}对象，每个对象都有一个钥匙：身份证。这个关键是奥梅罗：形状标识 在下面的例子中。在

这个ID可以通过指定的名称来标识CSV表的一行 具有唯一值的列，例如下面的shape_id。 此行用于添加其他列_名称：值数据标签属性。在

您还需要指定CSV中要使用的列，例如“area，X，Y，Width，Height”。 也可以指定列类型（如https://github.com/ome/omero-metadata/） 为每个列指定数据类型（默认为字符串）。在

• d: DoubleColumn, for floating point numbers
• l: LongColumn, for integer numbers
• s: StringColumn, for text
• b: BoolColumn, for true/false

例如，在列名中使用\d作为后缀，以表示float列，无空格等： ` "area#d,label_text#s,Width#l,Height#l" `

例如，要从名为area、label_text、Width和Height的列中获取值 在名为labels的CSV文件中_数据.csv的ID列名为shape_ID并添加这些 值来标记具有ID键奥梅罗：形状标识在一张名为123的图片或图版中。zarr：

ome_zarr csv_to_labels labels_data.csv shape_id "area#d,label_text#s,Width#l,Height#l" 123.zarr omero:shapeId```