奥利瓦管道
olivar的Python项目详细描述
奥利瓦
Olivar是一个开放源代码管道，用于病原体的引物和探针集的综合设计 序列。我们的管道依赖于最先进的底漆生成软件，并将 低频变异信息，确保快速进化的鲁棒敏感性和特异性 病原体。此外，我们的软件提供可视化和验证功能，以帮助快速 输出探头和起爆装置的评估。在
安装
要使用Olivar，只需克隆存储库并确保以下需求已安装并位于系统路径中。在
要求
- 生物赛顿
- 熊猫
- 金贾2号
- 帕森普
- 底漆3
- 爆炸
- 马夫特
- PyVCF公司
- 皮萨姆
模拟的附加要求
- Samtools公司
- 最小值2
- TIE2弓
- 洛弗雷
用法
运行Olivar并为一组序列和一个参考物生成探针和引物
olivar /path/to/reference.fasta /path/to/input_genomes/ --email <your_email>
如果您有一组读数据集，您想用它来模拟更多的输入数据：
^{pr2}$如果您只提供电子邮件，NCBI可能会限制您的blast查询。如果你有一个API，你可以提供它来获得更高的津贴。或者，您可以通过--blastdb <database_location>提供本地blast数据库位置。在
您可以通过添加--probes-only标志跳过引物的生成。请参阅--help
更多参数的文档。在
输出
最终输出报告见output/final_report。在output中，中间目录
对于其他模块的输出也是存在的。在
- 项目
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