用于寡核苷酸杂交和二级结构熔化温度计算的python3封装。
oligo-melting的Python项目详细描述
低聚物熔化v2.0.1.post3
用于寡核苷酸杂交和二级结构熔化温度计算的python3封装。
功能
- 处理DNA:DNA，RNA:RNA和DNA/RNA杂交。
- 对盐和化学物质都有纠正作用。
- 与直接盐和化学品（变性剂）校正的未老化（寡阵列）输出兼容。
- 生成所提供序列的熔化曲线。
- 以单序列或fasta文件的形式输入。
- 比Biopython.Sekutils.MeltingTemp稍快。
- 沿熔化温度提供DG、DS和DH。
限制
- 不处理不匹配或悬挂端
- 不处理不明确的基
安装
- 不处理不匹配或悬挂端
- 不处理不明确的基
安装
要安装，请运行以下命令：
git clone http://github.com/ggirelli/oligo-melting
cd oligo-melting
sudo -H pip3 install .
要卸载请从存储库文件夹中运行以下命令：
sudo -H pip3 uninstall oligo_melting
若要update，请先卸载，然后从存储库文件夹中运行以下命令。
git pull
sudo -H pip3 uninstall oligo_melting
sudo -H pip3 install .
用法
从命令行
双工
melt_duplex命令允许计算核酸双链的熔化温度，前提是两条链中的一条链的顺序。
杂交δ自由能计算基于文献中的n-n热力学值，可用于dna:dna[3]、rna:rna[1]和dna:rna[2]双工。熔化温度的计算基于Santalucia，1998[4]。钠和钙浓度校正基于Owczarzy等人的工作[5][6]。甲酰胺校正可基于两种不同的已发表模型[7][8]。
- 使用
-t选项指定类型的核酸双工。 - 使用
--fa-mode在线性熔化温度基于甲酰胺的校正[7]和线性Δg基于甲酰胺的校正[8]之间切换。 - 使用
--fa-mvalue和--fa-mode wright指定基于甲酰胺的校正的m值。 - 提供fasta文件的路径，而不是一个序列来计算文件中每个序列的熔化温度。
- 使用
-v选项触发详细模式，该模式为每个序列提供更多的details。 - 用
-C代替开尔文来表示摄氏度的温度。 - 使用
--out-curve指定一个文件，在其中保存估计的单序列熔化曲线，其中包含温度范围和--t-curve定义的熔化温度。
二级结构
脚本允许修正先前用寡阵列计算的核酸二级结构的熔化温度，并生成相应的熔化曲线。
作为图书馆
导入包并使用相应的函数。
importoligo_meltingasOligoMeltseq="CAGTCAGTCGATC"# Calculate melting temperature for 25uM oligos(name,g,h,s,tm,seq)=OligoMelt.Duplex.calc_tm(seq,oligo_conc=25e-6)print(tm)# Adjust for 300 mM [Na+]tm=OligoMelt.Duplex.adj_ions(tm,0.3,0,seq)print(tm)
其中Duplex模块包含了计算二元杂化和熔化温度的功能，而SecStr模块包含了类似的计算二次结构熔化温度的方法。
参考文献
- [1]：Freier等人，PNAS（83），1986；
- [2]：杉本等，生物化学（34），1995.
- [3]：阿拉维和桑塔卢西亚，生物化学（36），1997；
- [4]：桑塔卢西亚，PNAS（95），1998；
- [5]：Owczarzy等，生物化学（43），2004；
- [6]：Owczarzy等人，生物化学（47），2008；
- [7]：McConaughy等人，生物化学（8），1969；
- [8]：赖特等人，应用。环境。微生物学（80），2014年。
许可证
MIT License
Copyright (c) 2017 Gabriele Girelli
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