用于管理分子多态性数据的实用程序。

oldowan.polymorphism的Python项目详细描述


多态性是一个小型的生物信息管理工具。 分子多态性数据。

安装说明

这个包是纯python的,没有标准之外的依赖项 图书馆。最简单的安装方法是使用 setuptools包。通常是这样的:

$ easy_install oldowan.polymorphism

或者在类unix系统上,假设您正在安装到主python site-packages目录作为非特权用户,此:

$ sudo easy_install oldowan.polymorphism

您还可以使用标准的python distutils设置方法。下载 从文件列表到本页底部的当前源存档, 把它拆开,然后安装。在MacOSX和许多其他类似Unix的系统上, 下载了存档并更改为包含此存档的目录 你的外壳,可能会像这样:

$ tar xvzf oldowan.polymorphism*
$ cd oldowan.polymorphism*
$ python setup.py install

快速启动

这个包提供了一个实用程序类Polymorphism。进口 这个类来自oldowan。多态性:

>>> from oldowan.polymorphism import Polymorphism

创建新的多态性对象:

>>> p1 = Polymorphism(16223,0,'A','T')

多态构造函数需要3个参数,接受和可选 第四个论点。这些是(按顺序):

  1. ^{tt4}$, integer.
  2. ^{tt5}$, 0 if polymorphism is exactly at that position, or 1,2,3,… if insertion after.
  3. ^{tt6}$, character value of polymorphism
  4. ^{tt7}$, optional value of a reference sequence at that position

发布历史记录

1.0.0(2009年3月25日)
模块的初始版本。
1.0.1(2009年3月25日)
版本号正确的小更新
1.0.3(2015年8月4日)
这次实际修复了版本编号

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