用于管理分子多态性数据的实用程序。
oldowan.polymorphism的Python项目详细描述
多态性是一个小型的生物信息管理工具。 分子多态性数据。
安装说明
这个包是纯python的,没有标准之外的依赖项 图书馆。最简单的安装方法是使用 setuptools包。通常是这样的:
$ easy_install oldowan.polymorphism
或者在类unix系统上,假设您正在安装到主python site-packages目录作为非特权用户,此:
$ sudo easy_install oldowan.polymorphism
您还可以使用标准的python distutils设置方法。下载 从文件列表到本页底部的当前源存档, 把它拆开,然后安装。在MacOSX和许多其他类似Unix的系统上, 下载了存档并更改为包含此存档的目录 你的外壳,可能会像这样:
$ tar xvzf oldowan.polymorphism* $ cd oldowan.polymorphism* $ python setup.py install
快速启动
这个包提供了一个实用程序类Polymorphism。进口 这个类来自oldowan。多态性:
>>> from oldowan.polymorphism import Polymorphism
创建新的多态性对象:
>>> p1 = Polymorphism(16223,0,'A','T')
多态构造函数需要3个参数,接受和可选 第四个论点。这些是(按顺序):
- ^{tt4}$, integer.
- ^{tt5}$, 0 if polymorphism is exactly at that position, or 1,2,3,… if insertion after.
- ^{tt6}$, character value of polymorphism
- ^{tt7}$, optional value of a reference sequence at that position
发布历史记录
- 1.0.0(2009年3月25日)
- 模块的初始版本。
- 1.0.1(2009年3月25日)
- 版本号正确的小更新
- 1.0.3(2015年8月4日)
- 这次实际修复了版本编号