oldowan.mitomotifs-cmdline 1.0.0

安装说明

这个包是纯python的，并且只有纯python依赖项 （oldowan.mitomotif和oldowan.fasta）在标准库之外。全部 如果使用setuptools，这些依赖项将自动安装 easy_install工具。通常是这样的：

$ easy_install oldowan.mitomotifs-cmdline

或者在类unix系统上，假设您正在安装到主python site-packages目录作为非特权用户，此：

$ sudo easy_install oldowan.mitomotifs-cmdline

您还可以使用标准的python distutils设置方法。你必须 先下载ind install oldowan.fasta和oldowan.mitomotif。然后，下载 从文件列表到本页底部的当前源存档， 把它拆开，然后安装。在MacOSX和许多其他类似Unix的系统上， 下载了存档并更改为包含此存档的目录 你的外壳，可能会像这样：

$ tar xvzf oldowan.mitomotifs-cmdline*
$ cd oldowan.mitomotifs-cmdline*
$ python setup.py install

快速启动

将序列转换为站点：

$ seq2sites sequences.fasta

将序列转换为站点，将输出保存到文件：

$ seq2sites sequences.fasta > sites.txt

序列必须连续！序列的单独运行，如hvr1和hvr2 没有中间的序列间隔，必须单独分析。

也有一个边界的数量的矛盾地点（n）允许在 顺序。默认情况下，这是10-但这是一个可以设置的选项：

$ seq2sites --ambig-cutoff=20 sequences.fasta

将变量站点列表转换为序列。输入文件应该是 逗号分隔值列表，每行一个条目，名称、n和站点。 站点应该用空格分隔：

$ cat hvr1_sites.txt
Seq1,1,16129A
Seq2,1,16129A 16223T
Seq3,2,16223T
$ sites2seq hvr1_sites.txt

返回的序列的默认范围是hvr1，定义为位置16023到 在RCR上是16365。所有预定义范围为：

• HVR1:16024-16365
• hvr2:73-340
• hvr1至2:16024-340
• 编码：577-15992
• 全部：1-16559

因此，要将hvr2站点列表转换为序列：

$ sites2seq --region=hvr2 hvr2_sites.txt

可以选择任意范围。如果停止值小于 开始，假设范围穿过原点：

$ sites2seq --begin=16024 --end=340 dloop_sites.txt

RCRS序列可以选择“RCRS”作为站点值：

$ cat sites.txt
Seq1,1,rCRS
Seq2,1,16129A 16223T

发布历史记录

1.0.0（2008年8月16日）

模块的初始版本。