阅读奥林巴斯（R）图像文件（OIF和OIB）
oiffile的Python项目详细描述
oiffile是一个python库，用于从olympus image读取图像和元数据 格式化文件。oif是olympus fluoview（tm）的本地文件格式 共焦显微镜软件。
格式有两种变体：
- oif（olympus图像文件）是一种包含主设置的多文件格式 文件（.oif）和与数据和设置文件（.tif， .bmp、.txt、.pyt、.roi和.lut）。
- oib（olympus image binary）是一个复合文档文件，存储oif和 在单个文件中关联的文件。
| Author: | Christoph Gohlke |
|---|---|
| Organization: | Laboratory for Fluorescence Dynamics. University of California, Irvine |
| Version: | 2019.1.1 |
修订版
- 2019.1.1
- 更新版权年。
注释
api还不稳定，可能会在不同的版本之间发生变化。
不推荐使用Python2.7和3.4。
没有可用的规范文件。
仅使用Olympus FV1000硬件上生成的文件进行测试。
示例
以numpy数组的形式从oib文件中读取图像：
>>> image = imread('test.oib')
>>> image.shape
(3, 256, 256)
>>> image[:, 95, 216]
array([820, 50, 436], dtype=uint16)
从oib文件中的单个tiff文件读取图像：
>>> with OifFile('test.oib') as oib:
... filename = natural_sorted(oib.glob('*.tif'))[0]
... image = oib.asarray(filename)
>>> filename
'Storage00001/s_C001.tif'
>>> image[95, 216]
820
访问oib主文件中的信息：
>>> with OifFile('test.oib') as oib:
... dataname = oib.mainfile['File Info']['DataName']
>>> dataname
'Cell 1 mitoEGFP.oib'
将oib文件内容提取到oif文件和相关数据目录：
>>> tempdir = tempfile.mkdtemp()
>>> oib2oif('test.oib', location=tempdir)
Saving ... done.
从提取的oif文件中读取图像：
>>> oif_filename = '%s/%s.oif' % (tempdir, dataname[:-4]) >>> image = imread(oif_filename) >>> image[:, 95, 216] array([820, 50, 436], dtype=uint16)
读取OLE复合文件并访问“oibinfo.txt”设置文件：
>>> with CompoundFile('test.oib') as oib:
... info = oib.open_file('OibInfo.txt')
>>> info = SettingsFile(info, 'OibInfo.txt')
>>> info['OibSaveInfo']['Version']
'2.0.0.0'
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