根据荧光图像识别核内蛋白质的模块。
NucDetect的Python项目详细描述
{a2}
NucDetect-一个用于检测和量化DNA双链断裂的python包
NucDetect是一个Python软件包，用于检测和量化细胞核内的γH2AX和53BP1病灶。它写在 purepython3.7遵循pep8样式准则，包括pep484类型提示以及Epytext docstrings。在
注
当前版本是非常早期的alpha版本。请报告任何检测到的错误和/或改进建议。在
要求
NucDetect与Windows、Mac OS X和Linux操作系统兼容。它需要 以下软件包：
- tensorflow>；=2.1.0
- 数量=1.18.1
- scikit图像>；=0.16.2
- matplotlib>；=3.1.3
- pyqt5>；=5.14.1
- 数字=0.48.0
- 枕头>；=7.0.0
- qtawesome>；=0.6.1
- piexif>；=1.1.3
安装
运行以下命令从GitHub克隆并安装
$ git clone https://github.com/SilMon/NucDetect.git
或者pypi
^{pr2}$开始
程序可以通过运行numdetectappqt.py公司名称：
cd %UserProfile%/AppData/local/Programs/Python/python37/Lib/site-packages/guipython -m NucDetectAppQT
First start：切换到创建的numdetect文件夹，该文件夹将在用户目录中创建。然后把你的图像 要分析到图像文件夹，然后单击重新加载按钮。这将加载所有图像并为创建缩略图 每个（需要减少QT的内存占用）。这可能需要几分钟，具体取决于图像的数量 并使用硬件（例如，在Ryzen 3700X处理器上，大约5分钟可拍摄2200幅图像）。进度将显示在 命令提示符。在
支持的图像格式
NucDetect支持以下图像格式：
- 蒂芙
- 巴布亚新几内亚
- JPG公司
- 骨形态发生蛋白
不支持
- 灰度图像
- 二值图像
维基
有关该程序的详细信息可在
补充数据
https://github.com/SilMon/NucDetect_Additional_Data
作者：罗曼诺·韦斯
合著者：Stefan Rödiger
- 项目
标签：
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