从共焦显微镜图像定位纳米颗粒的Python工具
nplocate的Python项目详细描述
定位纳米颗粒
这是什么
nplocate是我编写的一个自定义脚本，用于从共焦图像定位非常微小的粒子。这些图像经常受到PSF的极端影响，即使在非常详细和完整的反褶积程序之后。在
为了从这些高度失真的数据中挤出更多的信息，我编写了这段代码来有效地“拟合”整个3D图像。这件事做得很慢。为了获得完美的匹配，请看一下精心制作的peri项目。在
想法
这不是像trackpy或colloids或peri那样功能齐全的粒子跟踪包。相反，请将nplocate视为当前跟踪包的扩展。在
代码背后的逻辑非常简单。理由是
- 即使在高度扭曲的图像中，找到一些粒子也是很容易的。在
- 如果我们知道一些粒子的位置（{r}），我们就可以测量它们的平均形状（S）。在
- 使用{{str 1}$r}和{str 1}$S，我们可以模拟一个“假图像”
- 我们可以在真实图像和假图像之间的差异中找到先前未找到的粒子。在
- 我们拥有的粒子越多，就越多。在
安装代码
最简单的方法是
pip install nplocate
您还可以下载此存储库，并使用以下命令安装代码
^{pr2}$使用代码
文件夹example中有一些笔记本介绍了如何使用这个软件包，以及trackpy。在
引用代码
告诉别人你用了trackpy
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