从FastQC文件生成类似FastQC图形的工具
NotSoFastQC的Python项目详细描述
诺索法斯特QC
这个包被设计用来为FastQC工具中的每个模块生成模拟报告。所有模块创建 过滤文本和QC报告文本文件，选择的模块生成模拟FastQC中的图形。在
安装
NotSoFastQC可以从mygithub repository安装， 通过以下链接或使用git：
git clone https://github.com/jamesfox96/NotSoFastQC
cd NotSoFastQC
python setup.py install
用法
根据您的需要，可以通过多种方式从命令行运行NotSoFastQC。在
要为所有模块运行报告生成，请执行以下操作：
^{pr2}$或
通过手动选择所需模块：
NotSoFastQC -I fastqc.txt -O output_directory/ -M 12391011
选项：
- -I：输入FastQC报告文本文件。在
- -O：输出目录。在
- -D：覆盖选定输出目录中与生成的文件夹同名的任何文件夹。在
- -M：选择用空格分隔的单个模块号。在
{emm}
- --all：选择要生成报告的所有模块。这将覆盖任何单独选择的模块。在
可供选择的模块详情如下：
| Module arg | Description |
|---|---|
| 1 | Per base sequence quality |
| 2 | Per tile sequence quality |
| 3 | Per sequence quality scores |
| 4 | Per base sequence content |
| 5 | Per sequence GC content |
| 6 | Per base N content |
| 7 | Sequence Length Distribution |
| 8 | Sequence Duplication Levels |
| 9 | Overrepresented sequences |
| 10 | Adapter Content |
| 11 | K-mer Content |
Note：模块11（K-mer内容）不生成类似FastQC的图形。 这是因为给定文件中缺少数据
基本原理
NotSoFastQC已创建为Applied Bioinformatics的分配提交的一部分 {strong>大学生物信息学模块简介。这个包是为使用这些文件而设计的 在TestData/文件夹中提供。在
触点
詹姆斯·福克斯：james-fox@mail.com
- 项目
标签：
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