用于解析nmr-star格式文件中的数据的python库
nmrstarlib的Python项目详细描述
nmrstarlib包是一个便于读写的python库 生物磁共振数据库使用的nmr-star格式文件（BMRB） 用于存档核磁共振（NMR）数据和使用的CIF格式文件 蛋白质数据库（PDB）。
nmrstarlib包提供转换nmr-star和cif格式的工具 将文件转换为其等效的jsonized表示，反之亦然。JSON支架 对于javascript对象表示法，一种开放的标准格式，使用可读的 用于传输由属性值对组成的数据对象的文本。
nmrstarlib包还提供了为 不同类型的标准溶液和固体核磁共振实验 存储在NMR-STAR文件中的移位和赋值信息。
此外，nmrstarlib包提供了可视化化学位移数据的方法。
nmrstarlib包可以用几种方式使用：
- As a library for accessing and manipulating data stored in NMR-STAR and CIF formatted files.
- As a command-line tool to convert between NMR-STAR/CIF format and its equivalent JSONized NMR-STAR/CIF format, to create a large number of simulated peak lists, and also to visualize chemical shift data from NMR-STAR formatted files.
引文
在已发表的著作中使用nmrstarlib时，请引用以下论文：
- Smelter, Andrey, Morgan Astra, and Hunter NB Moseley. “A fast and efficient python library for interfacing with the Biological Magnetic Resonance Data Bank.” BMC Bioinformatics 18.1 (2017): 175. doi: 10.1186/s12859-017-1580-5.
链接
- nmrstarlib @ GitHub
- nmrstarlib @ PyPI
- Documentation @ ReadTheDocs
安装
nmrstarlib包在python 2.7和python 3.4+下运行。使用pip进行安装。 从python 3.4开始，默认情况下包含pip。
在Linux、Mac OS X上安装
python3 -m pip install nmrstarlib
在Windows上安装
py -3 -m pip install nmrstarlib
快速启动
导入nmrstarlib库并创建生成函数 starfile实例：
>>>importnmrstarlib>>>>>># "path": path_to_file / path_to_dir / path_to_archive / bmrb_id / pdb_id / file_url>>>forfileinnmrstarlib.read_files("path"):...print(file.id)# print BMRB/PDB id of a file...print(file.source)# print source of a file...print(file.keys())# print top-level keys>>>
注意
阅读ReadTheDocs上的User Guide和The nmrstarlib Tutorial 要了解更多信息并查看有关将nmrstarlib用作 库和作为命令行工具。
许可证
这个包是在MIT许可证下分发的。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
