nglesspy:python接口到ngless
NGLess的Python项目详细描述
NGLessPy：NGLess作为一种Python嵌入式语言
这是NGLess作为嵌入式语言的变体 在Python中，因此可以通过Python处理下一代数据 应用程序编程接口。请参阅下面的示例。
这是非常实验性的，可以随时更改如果你想在工作中使用它，请get in touch为了 问题，您还可以使用ngless mailing list。
依赖关系
如果需要，NGLesspy可以自动安装ngless
NGLesspy与Python 2.7和3.4+兼容
示例
在bin/里面 目录中，您将发现几个简单的脚本公开了ngless功能 作为命令行工具。这些也是nglesspy的简单例子 使用
请参阅tutorial了解更详细的信息 解释下例中发生的情况。
fromnglessimportNGLesssc=NGLess.NGLess('0.8')sc.import_('mocat','0.0')e=sc.enve.sample=sc.load_mocat_sample_('testing')@sc.preprocess_(e.sample,using='r')defproc(bk):bk.r=sc.substrim_(bk.r,min_quality=25)e.mapped=sc.map_(e.sample,reference='hg19')e.mapped=sc.select_(e.mapped,keep_if=['{mapped}'])sc.write_(e.mapped,ofile='ofile.sam')sc.run()
这相当于无角脚本
ngless '0.8'
import 'mocat' version '0.0'
sample = load_mocat_sample('testing')
preprocess_(sample) using='r':
r = substrim(r, min_quality=25)
mapped = map(sample, reference='hg19')
mapped = select(mapped, keep_if=[{mapped}])
write(mapped, ofile='ofile.sam')
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