nebseq 0.0.2

照常导入

>>> import nebseq

反向补语

这里唯一要注意的是revcomp不检查输入 测序看看它是DNA还是RNA。

>>> nebseq.revcomp('ACGT')
'ACGT'
>>> nebseq.revcomp('TTACC')
'GGTAA'

如果我们给它垃圾，它只会把垃圾还给我们。

>>> nebseq.revcomp('ZQ')
'QZ'

翻译

翻译功能应允许完全支持序列 翻译。包括修剪第一对 使用备用翻译表。还有 支持更深奥的翻译后修改 可以在一些genbank文件和翻译中找到 部分肽（如模糊坐标）。

基本翻译：

>>> nebseq.translate('TTGGCCAAGGAACGA', table=11)
'MAKER'

显示部分肽翻译的效果。默认情况下 第一个密码子应该是根据所选的 翻译表，如果不是，则转换为“x”

>>> nebseq.translate('GCCAAG')
'XK'
>>> nebseq.translate('GCCAAG', partial=True)
'AK'

或者我们可以去掉模糊坐标的前两个基。

>>> nebseq.translate('TTGCCAAG', start=2, partial=True)
'AK'

修饰被指定为（索引，氨基酸）二元组。通知 将修改索引指定为 氨基酸序列。

>>> nebseq.translate('ATGAAGGAA', modifications=[(2, 'U')])
'MUE'

提取

序列提取是为了当你想从一个较大的 顺序。如果您使用nebgb模块及其 从join（1..5,9..100）等字符串解析的位置定义。

>>> location = {'type': 'span', 'from': 4, 'to': 10}
>>> nebseq.extract('ACCGTACCATAGTT', location)
('GTACCAT', (False, False))
>>> location = {
...     "type": "complement",
...     "segment": {
...         "type": "join",
...         "segments": [
...             {"type": "span", "from": 3, "to": 8},
...             {"type": "span", "from": 10, "to": 14}
...         ]
...     }
... }
>>> nebseq.extract('ACCGTATTTCGGGGACAT', location)
('CCCCGAATACG', (False, False))