NeatBio是一个简单又另一个DNA序列的生物信息学库
neatbio的Python项目详细描述
小牛
一个简单又另一个用于DNA、RNA和蛋白质测序的生物信息学库
安装
pip install neatbio
优点
- 处理序列（DNA、RNA、蛋白质）
- 蛋白质合成
- 序列相似性
- Kmers生成和Kmer距离
- 氨基酸的可能反翻译
- 读取FASTA文件
为什么是NeatBio？
- NeatBio是另一个生物信息学图书馆，除了强大和流行的生物信息学图书馆，如Bioython，scikit bio，黑云母。在
- 它旨在以一种简单的方式补充这些强大的库。在
用法
处理顺序
- Neatbio提供了分析序列以获得更多洞察力的能力
处理蛋白质
>>>protein1=nt.ProteinSeq('MIT')>>>protein1ProteinSeq(seq='MIT')>>>protein1.back_translate()'ATGATAACT'
- 注意，back_translate（）函数提供了一个可能的序列，而不是精确的序列 由于多个密码子可以代表相同的氨基酸。在
将3个字母的氨基酸转换为1，反之亦然
>>>fromneatbio.sequtilsimportconvert_3to1,convert_1to3,get_acid_name>>>convert_3to1('Ala')'A'>>>convert_1to3('L')'Leu'>>>get_acid_name('Ala')'Alanine'
生成点图
>>>importneatbioasnt>>>importneatbio.sequtilsasutils>>>seq1=nt.Sequence('AGTCGTACT')>>>seq2=nt.Sequence('AGGCGCACT')>>>>>>utils.dotplot(seq1,seq2)|AGGCGCACT-----------A|■■G|■■■T|■C|■■■G|■■■T|■A|■■C|■■■T|■>>>
读取FASTA文件
>>>importneatbioasnt>>>file1=nt.read_fasta('sequence.fasta')>>>file1['seqRecord']>>>seq1=nt.Sequence(file1['seqRecord'])
文档
- 请阅读documentation了解有关neatbio的功能以及如何使用它来满足您的需要的更多信息。在
要添加的更多功能
- 序列比对
- 写入FASTA文件
- 支持更多文件格式
致谢
- 灵感来源于BioPython、Scikit Bio和Blanite
NB
- 欢迎捐款
- 注意到一个错误，请告诉我们。在
- 非常感谢
由
- 杰西·阿格贝（JCharis）
- 耶稣救了我
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
