代理模板的jupyter扩展

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nbstencilaprox的Python项目详细描述


jupyter+dar/stencila=nbstencilaproxy

jupyter+dar的兼容性探索

演示

单击下面的按钮，在基于此存储库的mybinder.org上启动在线jupyter实例

试试看！binder

通过单击"新建模具会话"打开示例DAR存档：

src=

关于

本项目是2018年Elife Innovation Sprint和2018年Mozilla Global Sprint的一部分（参见https://github.com/mozilla/global sprint/issues/317）

本项目包括两个模块：

  • 一个javascript包，用于在jupyter容器中安装和运行stencila（客户端/ui和服务）
  • 一个python包（nbstencilaproxy），用于安装和运行代理（基于nbserverproxy），以访问用户界面以及stencila提供的服务；该软件包还扩展了jupyter用户界面，以添加一个"new stencila session"按钮

团队

H2>如何？

图像的配置

mybinder.org在映像生成过程中提取目录binder/中的几个配置文件，并安装所需的软件和几个模板内核。

  • environment.yml和requirements.txt安装python依赖项
  • runtime.txt添加R安装
  • 安装并配置模板的r上下文
  • postbuild
    • 安装笔记本扩展
      • 通过代理运行Stencila主机和Stencila用户界面（详细信息如下）
      • 扩展jupyter用户界面
      • 启用Stencila Jupyter上下文
    • 安装并配置Stencila的纯Python上下文

通过配置环境变量stencila archive，在binder/postbuild中设置默认存档文件。

在Jupyter容器中运行Stencila

我们首先使用Stencila的开发版本运行应用程序，使用node make-w-s-d/our/own/dir，但在配置文件存储（即DAR服务器）时遇到了一些困难，并以我们配置的完整路径运行它，而不是启动相对于\u dirname的dar服务器make.js。 最终，我们实现了自己的最小npm包，它将stencila作为依赖项，并使用dist目录中的文件运行应用程序的dar服务器和静态文件服务器。 有关详细信息，请参见文件stencila.js。 这使我们能够控制路径，让我们摆脱复杂的开发特性（Substance Bundler等）。

我们还制作了自己版本的app.js，去掉虚拟文件存储内容（vfs），将存储默认为fs（文件系统），因为这是jupyter所需要的—我们不需要托管任何示例。 在同一行中，我们构建了自己的index.html（基于example.html）并提供了它，它允许我们直接呈现一个DAR文档，而不是一个示例和指令列表，并使用我们的a p p.js

相关的路径配置包括本地存储路径以及客户端使用的url，通过nbserverproxy访问dar服务器。

dockerfile安装我们的助手npm包并添加+配置nbserverproxy工具（请参见requirements.txt和jupyter_notebook_config.py）。

将Stencila连接到Jupyter内核

stencila有r、python、sql、javascript（在浏览器中）和node.js的"执行上下文"（相当于jupyter的"内核"）。执行上下文在许多方面不同于内核，包括本地执行和单元格的依赖性分析。这两个都是模板文章和表单的反应式功能执行模型所必需的。

我们可以在docker映像中安装这些执行上下文。但是，stencila还有一个jupytercontext作为stencila的api和jupyter内核之间的桥梁。因此，由于basejupyter/minimal notebook映像已经安装了一个用于python的jupyter内核，所以我们决定使用它。但这确实意味着，Stencila用户界面的某些反应性方面将无法按预期工作。此外，jupytercontext的开发和测试也不完善。

我们在docker镜像中包含了stencila nodenode.js包，它提供了jupytercontext以及nodecontext（用于执行javascript）和sqlitecontext（用于执行sql）。

通过代理提供模板

nbstencilaproxy为代理模板提供jupyter服务器和笔记本扩展。 它基于nbrsessionproxy但不包括nbrsessionproxy对jupyterlab的支持。

安装

安装软件包：

pip install git+https://github.com/minrk/nbstencilaproxy

为系统上的所有用户安装扩展：

jupyter serverextension enable  --py --sys-prefix nbstencilaproxy
jupyter nbextension     install --py --sys-prefix nbstencilaproxy
jupyter nbextension     enable  --py --sys-prefix nbstencilaproxy

开发

  • 使用repo2docker在本地运行 
# install repo2docker: https://repo2docker.readthedocs.io/en/latest/usage.html#running-repo2docker-locally# run repo2docker for the local repository
jupyter-repo2docker --debug .

  • 通过访问显示的标记化URL登录，例如http://localhost:8888/？令牌=99A7BC13…

  • 单击jupyter开始页上的"新建>；模板会话"按钮，打开py jupyter示例，或

  • 通过将以下参数附加到URL，打开其中一个包含的示例：

许可证

BSD 3条款许可证

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